Le CEA est impliqué depuis sa création dans la recherche en biologie et en santé. La plupart de ces recherches sont menées in vitro et les méthodes in silico, faisant appel à la simulation numérique, se développent de plus en plus. Mais le recours aux animaux reste aujourd’hui indispensable pour étudier la complexité d’un organisme vivant, que ce soit en recherche préclinique, pour la mise au point de vaccins, de médicaments, ou en recherche fondamentale, pour comprendre par exemple les mécanismes d’une maladie à l’échelle d’un organisme, le fonctionnement du cerveau, etc. L’utilisation d’animaux à des fins de recherche est encadrée par des règles éthiques et est strictement réglementée sur le plan national et européen. Ces pratiques font l’objet d’un suivi étroit de la part des autorités.