L'équipe de Jean-Marc Elalouf (Directeur de recherche CEA, aujourd'hui à la retraite) s'est spécialisée dans l'étude du génome d'espèces éteintes à partir d'échantillons archéologiques âgés de plusieurs dizaines de milliers d'années. Des ossements ainsi que des excréments fossilisés (les coprolithes) sont analysés au moyen des méthodes de séquençage à haut-débit de l'ADN pour caractériser à la fois le génome et l'alimentation de ces espèces. Les études sont réalisées dans plusieurs sites archéologiques majeurs comme la Grotte Chauvet-Pont d'Arc (Ardèche) et la Grotte des Trois-Frères (Ariège).
Dans cette étude, les chercheurs ont attribué un âge de 35 000 ans au coprolithe trouvé dans la salle Hillaire de la grotte Chauvet par la datation au radiocarbone de fragments d'os qu'il contenait. Puis c'est le séquençage de l'ADN qui a été entrepris, grâce aux financements accordés par le CEA, le Ministère de la Culture… et la romancière Jean M. Auel ! Les chercheurs ont démontré, au moyen du séquençage métagénomique, la présence d'une grande quantité d'ADN de canidé et des quantités moindres d'ADN d'ours des cavernes. Ce coprolithe s'avère ainsi être celui d'un canidé qui avait consommé de l'ours des cavernes, espèce aujourd'hui éteinte. L'analyse de l'ADN du canidé a permis de reconstruire la séquence complète de son génome mitochondrial, et de montrer qu'il appartient à une lignée maternelle éteinte étroitement apparentée à celle de loups de la même époque découverts en Belgique. L'analyse du génome nucléaire permet de préciser que le spécimen de la grotte Chauvet était une femelle. Les données sur le génome nucléaire, en parfaite cohérence avec celles sur le génome mitochondrial, montrent que le canidé de la grotte Chauvet est plus apparenté aux loups gris Eurasiatiques qu'aux chiens actuels.
La qualité de la préservation des ressources archéologiques dela grotte Chauvet, qui s'étend des œuvres d'art pariétal aux restes animaux nous donne accès, petit à petit, à la paléoécologie du monde souterrain.
Voir aussi : La page de l'équipe Paléogénomique au CEA/Joliot ; la page de l'équipe au Musée de l'Homme
Lire également le communiqué du CNRS du 2 septembre 2022
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