La méthode de référence actuelle pour détecter le virus SARS-CoV-2 dans un organisme est la PCR qui recherche une séquence génétique spécifique au virus, après prélèvement nasal. Cette approche permet un flux important d'analyses, mais reste toutefois tributaire des mutations génétiques qui peuvent apparaître dans le virus et est longue à mettre en œuvre.
L'équipe du Li2D (SPI, Marcoule) a récemment démontré la possibilité d'une autre stratégie de détection du virus, afin de compléter les moyens de diagnostic. Elle a utilisé avec succès la protéomique dite shotgun* pour détecter et identifier une shortlist de 14 peptides signatures de SARS-CoV-2 dans un modèle de cellules en culture exprimant les protéines virales (lien vers l'actualité).
Dans la présente étude, publiée dans J Proteome Res, les chercheurs ont pu analyser des échantillons d'écouvillons nasals provenant de patients du CHU de Nîmes, en phase de rémission de la Covid-19, par spectrométrie de masse. Ils ont réussi à identifier 2 peptides de la nucléoprotéine de SARS-CoV-2 et ce, en seulement 3 minutes d'acquisition et sans aucun réactif spécifique.
Plus rapide, plus précise, et non soumise aux variations génétiques de SARS-CoV-2, la méthode de spectrométrie de masse utilisée ici apporte ainsi une preuve de concept pour compléter la méthode PCR de référence, qui reste à ce stade indispensable. Pour se démocratiser, l'approche proposée doit encore compter sur la miniaturisation des instruments et l'optimisation du procédé.
Ce travail a fait l'objet d'un Fait Marquant de la DRF du CEA
*La protéomique « shotgun » fait référence à la caractérisation de fragments de protéines pour les identifier, et ce dans des mélanges complexes, en utilisant une combinaison de chromatographie liquide à haute performance combinée à la spectrométrie de masse en tandem.