Article d'opinion
Une campagne globale de séquençage des génomes viraux et la sélection d'échantillons « en dehors des sentiers battus » permettraient d'identifier des variants atténués du SARS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19. Ces variants peuvent s'avérer cruciaux dans la lutte contre le virus, comme par exemple dans le développement d'approches vaccinales.
Sur la base d'une idée originale d'Eelco van Anken, biologiste de l'Institut Scientifique San Raffaele (Milan), trois chercheurs de l'Institut Joliot ont coordonné la rédaction d'un article d'opinion avec des scientifiques de l'Union Européenne, du Royaume-Uni, des Etats-Unis, d'Australie et de Chine, dont la directrice scientifique du laboratoire de Wuhan qui a isolé le virus.
Leur idée ? La variabilité des symptômes chez les patients s'explique non seulement par des facteurs individuels, mais aussi par l'existence de virus ayant des pathogénicités intrinsèques différentes, comme le suggèrent quelques études pionnières. Dès lors, il s'agit de tirer parti de l'apparition de mutations apparaissant spontanément dans le génome viral, un phénomène naturellement observé dans cette épidémie et amplifié par la propagation du virus.
Comment ? En réalisant une étude de corrélation entre l'expression de certains variants viraux et le tableau clinique associé à l'infection. L'idée ici est de rechercher l'existence de formes atténuées du virus SARS-CoV-2, entraînant le développement d'une maladie bénigne. Ces formes moins pathogènes sont normalement sélectionnées à long terme car elles facilitent la propagation du virus. Cependant, la mondialisation de l'épidémie a conduit à l'émergence de nombreux variants, dont l'évolution est modelée par les mesures de distanciation sociale mises en place au niveau mondial.
Aujourd'hui et pour la première fois de l'histoire, les techniques modernes de séquençage génomique permettent de suivre en direct l'évolution du virus et d'utiliser les informations obtenues pour lutter contre lui ! Techniquement, il est en effet possible de séquencer un très grand nombre de virus prélevés dans la population générale, en particulier la population à risque. Les variants d'intérêt seront trouvés chez des personnes ayant développé une réponse immunitaire protectrice en absence de symptômes sévères.
Le développement d'un vaccin prendra du temps, notamment la phase de test. Utiliser une forme virale atténuée permettrait de gagner un temps précieux et de limiter les risques pour les volontaires vaccinés. Les connaissances acquises sur les variants seront également cruciales pour valider les cibles vaccinales et les outils diagnostic. Elles pourraient aussi guider les politiques de déconfinement.
Cette approche nécessite la mise en place rapide d'un consortium international et d'un outil de centralisation et de traitement des données (Big data). En France, un consortium impliquant plusieurs entités du CEA (JOLIOT/DMTS, JOLIOT/I2BC et JACOB/CNRGH) est prêt à agir en collaboration pour la quête de variants atténués.
Contact chercheurs Joliot :