​L'identification rapide et précise des virus responsables d'infections est fondamentale pour poser un diagnostic rapide et améliorer la résilience des pays face aux crises majeures comme celles que nous avons connues récemment pendant la pandémie de COVID-19. Les méthodes conventionnelles, y compris les techniques d'amplification de l'ADN ou les tests immunochromatographiques (bandelettes), sont limitées à un ensemble spécifique de cibles à rechercher.

Dans cette étude, les chercheurs présentent une méthode de protéotypage par spectrométrie de masse en tandem (MS/MS), pour une identification rapide et universelle des virus s'affranchissant du besoin de cibles prédéfinies. Leur méthode repose sur la préparation rapide et économique de peptides viraux, suivie d'une chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution (LC-MS/MS), sur des ensembles de données protéomiques shotgun disponibles publiquement et obtenues de préparations virales et d'échantillons fécaux de personnes infectées. Les chercheurs ont ainsi identifié avec précision 23 espèces virales dans 53 jeux de données publiques. Ils ont également prouvé la capacité de la méthode à discriminer des virus phylogénétiquement proches au sein d'un même échantillon. Enfin, l'applicabilité clinique a été démontrée par la détection du virus de la vaccine dans la salive.

Une preuve de concept faisant de cette méthode de diagnostic innovante une avancée significative dans l'identification de virus pathogènes, de manière non ciblée, sur tout type d'échantillons cliniques.

Contacts : Jean Armengaud (jean.armengaud@cea.fr) ; Clément Lozano (clement.lozano@cea.fr)

LC-MS/MS : Liquid Chromatography coupled to tandem Mass Spectrometry