La fibrose kystique (FK) ou mucoviscidose est une maladie génétique qui touche principalement les systèmes respiratoire et digestif. La morbidité et mortalité précoce dans la FK sont dues à l'atteinte progressive des voies respiratoires et du parenchyme pulmonaire par le biais d'un cycle d'infection, d'inflammation et de lésions tissulaires. Bien que notre connaissance du microbiote respiratoire de la FK ait progressé grâce à des études de séquençage de nouvelle génération, les interactions hôte-pathogène, la dynamique du microbiote et leur impact sur la maladie ne sont que partiellement dévoilés. Au-delà de la puissante métagénomique, la métaprotéomique constitue une opportunité prometteuse pour obtenir des informations non biaisées sur le microbiote d'échantillons cliniques, quelle que soit leur complexité.
Les échantillons d'expectoration de la FK sont parmi les plus complexes en raison de leur hétérogénéité, de leur viscosité et du fait d'une charge protéique microbienne bien inférieure à la charge protéique provenant de l'hôte. Dans cette étude, les chercheurs du Li2D ont réussi à surmonter ces défis en appliquant une méthode efficace basée sur la métaprotéomique pour l'analyse de ce type d'échantillons. Cette approche, qui a permis d'établir la composition du microbiote respiratoire de 3 patients FK, fournit une vue plus complète et informative de la diversité des micro-organismes présents dans le microbiote, sans les biais de la culture microbiologique classique. Les chercheurs sont non seulement parvenus à identifier les composants du microbiote, mais également ses fonctions et des biomarqueurs spécifiques de l'hôte dans cette démarche « tout en un ».
Dans cette « preuve de concept », les auteurs apportent une vision non biaisée et élargie du microbiote de la FK qui pourrait être très complémentaire de la surveillance microbiologique de routine, et pertinente pour la gestion clinique des patients atteints de FK en améliorant notre compréhension de la dynamique hôte-pathogène et de la physiopathologie de la FK.
Contact Joliot : Lucia Grenga (lucia.grenga@cea.fr)