La plateforme de criblage de petites molécules du SCBM a pour mission d'identifier des composés capables de moduler une fonction biologique. Ces criblages automatisés sont donc effectués soit sur une cible identifiée (enzyme par exemple) soit une cellule entière (que la cible soit identifiée ou non). Pour identifier les composés actifs différents systèmes rapporteurs peuvent être utilisés comme la lecture d'absorbance, de fluorescence voire la radioactivité. Ces criblages sont tous réalisés en collaboration avec des équipes de biologistes qui sont propriétaires du test, nous apportons notre chimiothèque libre de droits, notre savoir-faire en criblage puis en optimisation de l'activité biologique des hits et enfin en recherche de cible par des approches de target fishing. L'ensemble des approches mises en jeu permettent ainsi d'identifier des molécules biologiquement actives et s'insèrent dans une approche globale dite de chemical biology.

Par ailleurs, la réunion des plateformes de criblage du plateau de Saclay sous une bannière unique C@PS (pour Criblage sur le Plateau de Saclay) a obtenu fin 2018 la labellisation IBiSA. C@PS agrège les compétences de :

• la plateforme CIBI (ICSN, CNRS, Gif-sur-Yvette) pour les mesures de cytotoxicité, de criblage d’interactions protéines/ligands et criblage in ovo ;
  
•  la plateforme CIBLOT (Faculté de Pharmacie, Université Paris sud, Châtenay-Malabry) pour les mesures d’interactions protéines/ligands par technologie alpha-screen et la quantification de paramètres cellulaires ;
  
• la plateforme CTPF (ICSN, CNRS, Gif-sur-Yvette) pour les mesures d’interactions protéines/ligands par thermal shift assay et d’analyses de transcriptomes  par PCR quantitative ;
  
• et de PC2B.