​Le séquençage massif des acides nucléiques extraits d’échantillons microbiens d’horizons divers a mis en évidence la présence de très nombreux nouveaux microorganismes. L’assemblage des données permet de reconstituer les génomes complets de certains de ces microorganismes et de les assigner avec précision dans l’Arbre du Vivant. A un détail près : ils n’ont pas de nom officiel. En effet, la nomenclature internationale actuelle ne s’applique qu’aux micro-organismes qui peuvent être cultivés en laboratoire, bien loin de la réalité du terrain. Pourtant, donner un nom définitif à ces nouveaux micro-organismes permettrait de poser des bases robustes pour la microbiologie, notamment pour l’interprétation des données de métagénomique et de métaprotéomique si utiles pour comprendre comment fonctionnent les écosystèmes microbiens ou les relations hôtes-microorganismes. Il s’avère que des méthodologies d’identification par protéomique (protéotypage), telle que la phylopeptidomique conçue au Li2D¹, pourraient contribuer à mieux classer les bactéries et archées en définissant les groupes et sous-groupes sur la base de milliers de caractères moléculaires communs et quantifiables, mesurables rapidement par spectrométrie de masse. De nouvelles métriques sont à inventer pour redéfinir la notion de groupes taxonomiques de branches inconnues de l’Arbre du Vivant qui mériteraient un nom de baptême. C’est dans cette optique que l’expertise d’un chercheur du Li2D (SPI, à Marcoule) a été sollicitée par un consortium international de microbiologistes afin de proposer une refondation de la taxonomie des microorganismes. Une déclaration commune des chercheurs du consortium a été publiée dans Nature Microbiology. 

[1] Service de Pharmacologie et Immunologie, Département Médicaments et Technologies pour la Santé