Les méthodes analytiques mises en place au SIMOPRO ont deux finalités : assurer un contrôle-qualité des productions en peptides et protéines du Service et répondre aux problématiques rencontrées dans le développement des projets de recherche.

Responsable
Robert THAI
01 69 08 99 61
robert.thai@cea.fr

Suivi des productions en peptides et protéines

Le suivi des productions en peptides et protéines du Service (contrôle et quantification) est effectué en routine par des analyses :

• en dosage des acides aminés (analyseur AminoTac de JEOL) ;
• en détermination de séquence N-terminale, en particulier, des séquences nouvelles (séquenceur automatique d’Edman, Procise 492HT d’ABI) ;
• et par spectrométries de masse en direct (ESI ou MALDI) ou en couplage en ligne avec une microLC (ESI-Trappe Esquire HCT de Bruker-Daltonics et MALDI-TOF/TOF d’AB-SCIEX).

Méthodologies analytiques

La résolution des problématiques rencontrées dans le développement des projets de recherche implique la mise en œuvre de méthodologies analytiques :

• pour la caractérisation structurale fine des protéines via des méthodes de cartographie peptidique pour identifier et localiser des modifications chimiques, isoler et mettre en évidence un intermédiaire réactionnel enzymatique, etc. (MALDI-TOF/TOF) ;
• pour l’identification de métabolites peptidiques à haute-valeur ajoutée des nouvelles voies de biosynthèse non-ribosomales, CDPS (LC~ESI-MS/MS) ;
• pour la recherche de biomarqueurs dans des échantillons biologiques complexes, notamment dans le cadre de projet de capture avec des sondes chimiques (électrophorèse 2D, IEF, nLC~ESI-MS/MS et nLC~MALDI-TOF/TOF) et la mise au point de méthodologies innovantes telle que la conception d’un dispositif microfluidique couplé à la spectrométrie de masse MALDI-TOF/TOF ;
• pour l’identification de protéines spécifiquement associées à des nanotubes de Carbone dans des extraits biologiques (électrophorèse 2D~MALDI-TOF/TOF) ;
• pour l’identification des peptides immunogéniques « naturally processed » (épitopes T) présentés en complexe aux molécules du CMH à la surface des CPAg (nLC~MALDI-TOF/TOF) ;
• pour le criblage d’inhibiteurs sélectifs de métalloprotéases incluant les MMPS, la toxine botulinique et la toxine MCP de Yersinia pestis (LC~ESI-MS/MS) ;
• pour le criblage de nouveaux traceurs spécifiques (Tc) pour l’imagerie moléculaire et le développement de nouveaux ligands protéiques utilisés comme sondes pour des études d’imagerie moléculaire (LC~ESI-MS/MS)
• pour l’identification des composés marqués, radioactifs, détectés au b–Imager sur des coupes d’organe ou d’animal entier, par couplage de la radioimagerie à l’imagerie par spectrométrie de masse.