L'équipe étudie le génome d'espèces éteintes à partir d'échantillons archéologiques âgés de plusieurs dizaines de milliers d'années. Des ossements ainsi que des excréments fossilisés sont analysés au moyen des méthodes de séquençage à haut-débit de l'ADN pour caractériser à la fois le génome et l'alimentation de ces espèces. Les études sont réalisées dans plusieurs sites archéologiques majeurs comme la Grotte Chauvet-Pont d'Arc (Ardèche, France) et la Grotte des Trois-frêres (Ariège, France).

 

Paléogénomique de la faune de la Grotte Chauvet-Pont d’Arc.

Notre équipe est associée aux recherches pluridisciplinaires effectuées dans des sites archéologiques majeurs découverts durant les deux dernières décennies (Grotte Chauvet-Pont d’Arc, Grotte de Cussac) ou des sites dont les ressources pour la recherche sont restées intactes un siècle après leur découverte (Grotte des Trois-Frères). Dans ces grottes ornées du Paléolithique Supérieur, nous étudions l’ADN des vestiges animaux avec pour objectif de reconstituer des génomes complets (en particulier d’espèces éteintes) au moyen des méthodes de séquençage à haut-débit de l’ADN. L’analyse d’excréments fossilisés (coprolithes) nous permet de caractériser l’ADN d’une espèce et de son alimentation. Des datations radiocarbone sont également effectuées avec différents partenaires. L’ensemble de ces données est intégré dans une perspective de caractérisation de la biocénose des grottes, des interactions entre espèces, et des relations entre l’homme et l’animal pour l’utilisation de l’espace souterrain.

Les travaux effectués dans la Grotte Chauvet-Pont d’Arc ont permis d’obtenir la séquence complète du génome mitochondrial de l’ours des cavernes, et de montrer que les ours ayant fréquenté la grotte, de faible diversité génétique, sont des spécimens tardifs de l’espèce. L’ours des cavernes, qui s’est éteint durant la dernière grande glaciation, aurait ainsi disparu d’Ardèche dès - 30 000 ans. Ceci donne un âge minimum, remontant à l’Aurignacien, aux représentations naturalistes d’ours de la Grotte Chauvet.

 Nos travaux actuels privilégient l’utilisation des nouvelles méthodes de séquençage pour analyser l’ADN d’une espèce et de son alimentation grâce au matériel génétique contenu dans les coprolithes. Nous avons en particulier montré la bonne préservation de l’ADN dans les coprolithes d’hyène des cavernes. L’analyse de la diversité de l’alimentation de ce grand prédateur-charognard du Pléistocène est en cours. Ce projet permettra d’acquérir des informations sur les génomes anciens d’espèces dont les vestiges sont rares ou peu étudiés. Une étude est également en cours sur un spécimen de loup de la Grotte Chauvet-Pont d’Arc.