Cette équipe fait partie de l'I2BC (Régulation Nucléaire et Stress)

La régulation de la transcription par l'ARN polymérase III (Pol III) joue un rôle majeur dans l'adaptation de la vitesse de croissance des cellules aux changements physiologiques ou aux variations de leur environnement. De plus, le niveau des ARN synthétisés par la Pol III est anormalement élevé dans les cellules tumorales. En conséquence, notre recherche porte sur la régulation, en réponse à différents stress, de l'expression des gènes transcrits par la Pol III chez la levure. Nous cherchons à décrypter les réseaux (conservés de la levure à l'homme) impliqués dans la modulation de l'activité transcriptionnelle, de la perception du signal jusqu'aux composants de la machinerie de transcription. D'autre part, de nombreux processus ADN-dépendants se produisent au niveau ou à proximité des gènes transcrits par la Pol III et interagissent avec la machinerie de transcription par la Pol III. Par exemple, l'intégration des rétrovirus et des rétrotransposons à LTR n'est pas aléatoire in vivo. Des analyses génomiques montrent clairement que les rétrotransposons Ty1 s'intègrent préférentiellement en amont des gènes transcrits par la Pol III chez la levure Saccharomyces cerevisiae. C'est pourquoi nous avons récemment démarré un nouveau projet en collaboration avec le groupe du Dr Pascale Lesage (IUH, Paris Diderot) afin de caractériser le rôle de la transcription par la Pol III sur l'intégration sélective de Ty1.

 

 

Conservation du rôle de la transcription pour l'intégration des rétroéléments
Un mécanisme commun entre les rétroélements (rétrotransposon à LTR comme Ty1 et les rétrovirus) : le ciblage des complexes d'intégration au génome de la cellule par une interaction entre l’intégrase du rétroélement et des protéines cellulaires (en bleu clair dans la figure) impliquées dans la transcription des gènes.
Pascale Lesage (IUH, Paris Diderot)

Pour obtenir une vue globale de tous les phénomènes qui se produisent sur les gènes transcrits par la Pol III, nous envisageons tout d’abord d’identifier tous les acteurs directement impliqués en développant des approches biochimiques novatrices. Nous avons mis au point avec succès notre propre technique de purification en tandem de chromatine (TChAP) après un cross-link in vivo, pour identifier les protéines associées à la Pol III en conditions normales de croissance mais également en réponse à des stress.

Les différentes étapes de la purification TChAP
Nguyen et al. Gene 2015​

Une autre part de nos projets est dédiée à la dissection fine des mécanismes moléculaires qui permettent aux cellules d'ajuster leur niveau de transcription aux conditions environnementales. Ainsi, nous sommes actuellement en train d'analyser le rôle de nouveaux facteurs que nous avons identifiés grâce à notre approche TChAP, sur la transcription par la Pol III, en utilisant des approches d'analyses globales du génome, génétiques et in vitro.

La recherche de l'équipe a été ou est soutenue par l'ARC et l'ANR