La polyploïdisation est un thème récurrent dans l'évolution du génome eucaryote. Beaucoup d'espèces existantes ont subi une polyploïdisation dans leur passé récent (en particulier les plantes), et l'avènement de la génomique comparative a révélé des événements de duplication anciens chez certains organismes qui n'étaient pas connus auparavant pour avoir un ancêtre polyploïde (des vertébrés et certains champignons; Putnam NH
et al, Nature 453: 1 064 (2008); Jaillon O. et al. Nature 431: 946 (2004); Kellis
et al. Nature 428: 617 (2003)). Beaucoup de gènes dupliqués sont perdus après une duplication complète du génome (GTD), si bien que dans les polyploïdes anciens, seul un petit nombre de gènes est encore présent en double exemplaire. Chez les plantes, la polyploïdisation est supposée avoir eu un impact énorme sur la spéciation et l'évolution des caractères nouveaux. L'équipe du
LAGE a déjà publié d'importantes conclusions sur l'évolution des plantes à travers l'analyse de la séquence du génome de la vigne. Nous avons développé cette thématique récemment en étudiant les duplications du génome du cacao, de la banane et de la clementine. Deux autres génomes ont été analysés, le colza hautement poilyploide et du caféier dont l'organisation du génome est ancestrale.