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Ressources bio-informatiques du Genoscope

Publié le 20 novembre 2018
​​

Platefor​​m​e MicroScope

​Plateforme d'annotation et d'analyses comparatives de génomes procaryotes développée par le laboratoire Analyses Bio-informatique pour la Génomique et le Métabolisme: la plateforme MicroScope (MaGe). Cette infrastructure informatique intègre des données (génomes, annotations automatiques et expertes, résultats d'analyses et données expérimentales), et des interfaces graphiques Web permettant d'ex​​plorer ces données et d'utiliser les outils méthodologiques régulièrement intégrés à la plateforme.


Développements​ bio-infor​​matiques

  • NaS (Nanopore Synthetic Long-Reads) est une approche hybride développée au Genoscope pour exploiter les données générées par le séquençeur MinION. Nous combinons les technologies Illumina et Oxford Nanopore pour produire des longues lectures synthétiques sans erreurs.
  • TE-Tracker est un programme de détection de variations structurales, utilisé notamment pour étudier la mobilité des transposons chez Arabidopsis.
  • Ma​GuS est un évaluateur, sans référence, de qualité d'assemblage et un map-guided scaffolder basé sur une carte physique et des données de séquençage de type illumina.

Human genetic map, données supplémentaires (Nature 1996)

This table provides direct access to tabular data and chromosome maps related to this publication :

Dib C. et al, A comprehensive genetic map of the human genome based on 5,264 microsatellites. Nature 380, 152 - 154 (14 March 1996); doi:10.1038/380152a0. 
Abstract | PDF (Links to the Nature Website ; full text (PDF document) may require special arrangment with Nature Publishing Group).​

Chromosomes

Alleles

Data

Chromosome map (PDF format)

sequences

Chr1

Allele Chr1

Data Chr1

Figure Chr1

Sequence Chr1

Chr2

Allele Chr2

Data Chr2

Figure Chr2

Sequence Chr2

Chr3

Allele Chr3

Data Chr3

Figure Chr3

Sequence Chr3

Chr4

Allele Chr4

Data Chr4

Figure Chr4

Sequence Chr4

Chr5

Allele Chr5

Data Chr5

Figure Chr5

Sequence Chr5

Chr6

Allele Chr6

Data Chr6

Figure Chr6

Sequence Chr6

Chr7

Allele Chr7

Data Chr7

Figure Chr7

Sequence Chr7

Chr8

Allele Chr8

Data Chr8

Figure Chr8

Sequence Chr8

Chr9

Allele Chr9

Data Chr9

Figure Chr9

Sequence Chr9

Chr10

Allele Chr10

Data Chr10

Figure Chr10

Sequence Chr10

Chr11

Allele Chr11

Data Chr11

Figure Chr11

Sequence Chr11

Chr12

Allele Chr12

Data Chr12

Figure Chr12

Sequence Chr12

Chr13

Allele Chr13

Data Chr13

Figure Chr13

Sequence Chr13

Chr14

Allele Chr14

Data Chr14

Figure Chr14

Sequence Chr14

Chr15

Allele Chr15

Data Chr15

Figure Chr15

Sequence Chr15

Chr16

Allele Chr16

Data Chr16

Figure Chr16

Sequence Chr16

Chr17

Allele Chr17

Data Chr17

Figure Chr17

Sequence Chr17

Chr18

Allele Chr18

Data Chr18

Figure Chr18

Sequence Chr18

Chr19

Allele Chr19

Data Chr19

Figure Chr19

Sequence Chr19

Chr20

Allele Chr20

Data Chr20

Figure Chr20

Sequence Chr20

Chr21

Allele Chr21

Data Chr21

Figure Chr21

Sequence Chr21

Chr22

Allele Chr22

Data Chr22

Figure Chr22

Sequence Chr22

ChrX

Allele ChrX

Data ChrX

Figure ChrX

Sequence ChrX​




Ressources bio-informatiques​

Les ressources bioinformatiques sur les organismes sont de plusieurs types :

  1. Blast  pour Basic Local Aligment Search Tool : méthode de comparaison de séquence d’ADN ou de protéines.
  2. GGB pour Generic Genome Browser (Article) : interface graphique pour les diverses bases de données (sequence, annotation, synthénies...) sur un organisme.​

​

​​Si vous avez des questions au sujet des GGB du Genoscope:  

ggbcnsgenoscope.cns.fr​​ 


​​Arabidops​​is thal​iana

​ Classification eudicotyledons
​Publica​​tions​2000, 2004
​Project ID​-​
​Accession Number​-​
​Taille assemblage​-
​Nb Gènes​-
​GGB​

​Homo sapiens

Classification Mammalia
​Publications​2003, 2006​
​Project ID​PRJNA31257
​Accession Number​
​Taille assemblage​
​Nb Gènes​
​GGB​K14, Alternative splicing

​​​Oikopleura dioica
 
Classification Tunicata
​Publications​2010
​Project ID​PRJNA12901
​Accession Number​CABV00000000.1
​Taille assemblage​70 Mb
​Nb Gènes​18,02
​GGB​Serv​eur Blat
​Assemblage​Gen​es

​​Paramecium tetraurelia
​
Classification Ciliophora
​Publications​2006
​Project ID​PRJNA18363
​Accession Number​CAAL00000000.1​
​Taille assemblage​72 Mb
​Nb Gènes​39,642
​GGB​Serveur Blat
​Assem​blage ​Genes


​Tetraodon nigroviridis
 
Classification Vertebrata
Publications 2004
Project ID PRJNA12350
Accession Number CAAE00000000.1
Taille assemblage342 Mb
Nb Gènes27,918
GGB Serveur Blat
Assemblage Genes


​​Vitis vinifera
 
​​​
Classification eudicotyledons
Publications 2007
Project ID PRJEA18785
Accession Number CAAP00000000.3
Taille assemblage486 Mb
Nb Gènes26,346
GGB Serveur Blat
Assemblage​​Gen​es

​​Tuber melanosporum
 
Classification Ascomyta
​Publications ​2010
​Project ID​PRJEA38847
​Accession Number​CABJ00000000.1
​Taille assemblage​7,496
​Nb Gènes​125 Mb
​GGB​​Serveur Blat
​Assemblage​Genes


​​
Blastocystis hominis

Classification Stramenopiles
​Publications 2011
​Project ID​PRJEA45923
​Accession Number​CABX00000000.1
​Taille assemblage​19 Mb
​Nb Gènes​6020
​GGB​Serveur Blat
​Assemblage​Genes
​​



​Chondrus crispus


Classification Rhodophyta
Publications 2013
Project ID PRJEA78309
Accession Number CAKH00000000.1
Taille assemblage105 Mb
Nb Gènes9,807
Assemblage Genes



Babesia microti
 
​Classification Apicomplexa
Publications 2012
Project ID PRJEA72411
Accession NumberFO082871.1, FO082872.1, FO082874.1, FO082868.1
Taille assemblage6 Mb
Nb Gènes1,426
Assemblage Genes
​​
Phytomonas sp. (isolate EM1)

Classification Phytomonas
​Publications​2014
​Project ID​PRJEB1535
​Accession Number​CAVQ000000000.1
​Taille assemblage​18 Mb
​Nb Gènes​6,381
​GGB​Serveur Blat
​Assemblage​Genes


​Phytomonas sp. (isolate HART1)

Classification Phytomonas
​Publications​2014
​Project ID​PRJEB1535
​Accession Number​CAVR000000000.2
​Taille assemblage​18 Mb
​Nb Gènes​6,451
​GGB​Serveur Blat
​Assemblage​Genes​


​Musa acuminata

Classification Liliopsida
​Publications​2012
​Project ID​PRJEA82777
​Accession Number​CAIC00000000.1
​Taille assemblage​472 Mb
​Nb Gènes​36,542
​Assemblage​Genes


​Brassica napus


Classification eudicotyledons
​Publications​2014
​Project ID​PRJEB5043
​Accession Number​CCCW000000000.1
​Taille assemblage​848 Mb
​Nb Gènes​101,04
​GGB​Serveur Blat
​Assemblage​Genes

​​Adineta vaga

Classification Rotifera
​Publications​2013
​Project ID​PRJEB1171
​Accession Number​CAWI000000000.2
​Taille assemblage​218 Mb
​Nb Gènes​49,3
​GGB​Serveur Blat
​Assemblage​Genes

​Oncorhyncus mykiss​


Classification Vertebrata
​Publications​2014
​Project ID​PRJEB4421
​Accession Number​CCAF000000000.1
​Taille assemblage​1.9 Gb
​Nb Gènes​46,585
​GGB Serveur Blat
​Assemblage​Genes

​


Coffea canephora​

Classification eudicotyledons
Publications 2014
Project ID PRJEB4211
Accession Number CBUE0​00000000.2
Taille assemblage570 Mb
Nb Gènes25,574
Assemblage Genes

Kuraishia capsulata​

Classification Ascomycota
Publications 2013
Project ID PRJEB4427
Accession Number CBUD000000000.2
Taille assemblage11 Mb
Nb Gènes6,029
Assemblage Genes

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