Il est aujourd'hui possible d'analyser des centaines d'échantillons simultanément, représentant diverses conditions biologiques. Ces approches à grande échelle soulèvent de nouveaux défis en termes de plan d'expérience. En particulier, il devient nécessaire de s'affranchir des « effets de lot » et de limiter certains biais grâce à des méthodes de « randomisation ».

La distribution des échantillons, avant la préparation biochimique, est un des nombreux facteurs pouvant biaiser les résultats en recherche clinique. Pour simplifier cette tâche fastidieuse, les chercheurs de l'Irig ont développé une application facile à utiliser : Well Plate Maker.

Elle se distingue des méthodes existantes – qui repèrent les échantillons par leurs coordonnées sur une plaque – par les points suivants :

• elle comprend une interface graphique facilitant la prise en main de l'outil par des utilisateurs sans compétence en programmation ;
• elle peut être exploitée en amont de l'expérience pour optimiser la distribution des échantillons et mieux concevoir les plaques de puits.

Pour cela, il faut apporter des compléments d'information et définir :

• des critères d'appartenance à différents groupes,
• des contraintes spatiales ou de voisinage,
• la taille et le nombre de plaques.

Ainsi, dans le cas de plaques multiples, les échantillons sont répartis uniformément entre les différentes plaques en fonction du nombre total d'échantillons et de la taille des groupes, ce qui permet d'éviter les « effets de plaque ». De plus, Well Plate Maker simplifie la randomisation par blocs pour limiter d'autres types d'effets de lot.

L'application est utilisée à l'Irig pour distribuer de manière optimale les échantillons de plasma issus de cohortes cliniques, avant leur préparation biochimique et leur analyse protéomique par spectrométrie de masse.

Grâce à sa large gamme d'options, Well Plate Maker peut être adapté à un large éventail d'applications (analyses omiques, criblage, etc.).

Ce travail a été réalisé avec le soutien de l'ANR.