Avec l'augmentation constante du débit des pipelines instrumentaux utilisés dans la recherche biomédicale, il devient possible d'analyser des centaines d'échantillons, couvrant ainsi diverses conditions biologiques et facteurs de confusion. Bien que ces approches à grande échelle promettent une puissance statistique sans précédent, elles posent de nouveaux défis en termes de conception expérimentale. Notamment, il devient nécessaire d'éviter les effets de lot et de limiter les biais techniques grâce à divers modèles de randomisation.

De nombreux facteurs peuvent influencer les résultats dans la recherche clinique, en particulier les biais dans la distribution des échantillons avant la préparation biochimique. Pour simplifier la tâche fastidieuse consistant à répartir les essais sur plusieurs plaques de puits (Image) tout en tenant compte des contraintes susmentionnées, des chercheurs de l’Irig ont développé une application facile à utiliser, le Well Plate Maker (WPM). 

Plusieurs outils existent déjà pour travailler sur les cartes de plaques (coordonnées des échantillons dans une plaque 96 puits par exemple). Cependant, WPM diffère à deux égards. Premièrement, les chercheurs ont conçu WPM pour inclure une interface graphique, ce qui le rend facilement utilisable par des utilisateurs n'ayant aucune compétence en programmation. Deuxièmement, WPM peut être utilisé en amont de l’expérience pour optimiser la conception des cartes de plaques pour lesquelles il est en effet nécessaire d'optimiser la distribution des échantillons sur les plaques de préparation afin de limiter les biais (Figure). Pour se faire, il sera nécessaire de spécifier un certain nombre de contraintes, comme l'appartenance à un groupe, des contraintes spatiales ou de voisinage, la taille et le nombre de plaques. Ainsi, dans le cas de plaques multiples, les échantillons sont répartis uniformément entre les différentes plaques en fonction du nombre total d'échantillons et de la taille des groupes, ce qui permet d'éviter les « effets de plaque ». De plus, WPM simplifie la randomisation par blocs pour limiter d'autres types d'effets de lot.

Grâce à sa large gamme d'options, WPM peut être adapté à un large éventail d’applications (analyses omiques, criblage…), permettant de concevoir facilement des cartes de plaques de puits, qui peuvent ensuite être imprimées pour une mise en œuvre en laboratoire. Ainsi Well Plate Maker est utilisé à l’Irig pour distribuer de manière optimale les échantillons de plasma issus de cohortes cliniques, avant leur préparation biochimique et leur analyse protéomique par spectrométrie de masse.