Les bactéries du genre Phaeobacter, appartenant à la famille des Rhodobacteraceae, très abondante dans les milieux marins, intéressent les industriels par leur production d’antibiotiques et d’algicides. Afin de découvrir de nouveaux composés bioactifs, les chercheurs ont analysé l’exoprotéome1 d’une souche appartenant à ce genre, mettant en évidence une protéine représentant à elle seule 60 % du total. Contre toute attente, l’analyse informatique classique des résultats de la spectrométrie de masse n’a pas suffi à l’identifier. Les séquences peptidiques obtenues ont donc été soumises à une expertise manuelle. Finalement, la protéine s’est révélée appartenir à une famille de toxines, les hémolysines de type RTX. Signe distinctif ? Sa résistance à la protéolyse, due à un faible nombre de résidus basiques. Voilà pourquoi les méthodes classiques d’interprétation n’ont pas pu l’identifier.
Outre le fait de la rendre résistante aux chercheurs, cette propriété lui confère surtout une stabilité et une efficacité prolongées dans l’eau de mer. Bien que cette toxine soit connue comme facteur de virulence chez les bactéries pathogènes, son action chez les bactéries non-virulentes, comme Phaeobacter, reste inconnue. Cependant, la conservation de cette famille de protéines dans le génome de toutes les Rhodobacteraceae et l’abondance de leur sécrétion suggèrent qu’elles remplissent une fonction vitale pour ces bactéries marines. La résistance de cette toxine à la protéolyse confèrerait-elle un avantage évolutif à Phaeobacter ? Serait-elle un algicide permettant à la bactérie de se nourrir ?
- L’exoprotéome d’un organisme comprend essentiellement les protéines qu’il sécrète dans l’environnement, plus celles issues de la lyse cellulaire.