Le microbiome marin est constitué de microorganismes très diversifiés (bactéries, phytoplancton, zooplancton, virus…) jouant un rôle clef dans le fonctionnement des océans. Les dernières grandes campagnes océanographiques, comme Tara Océans, ont permis des avancées scientifiques notables notamment pour la caractérisation de la diversité taxonomique et fonctionnelle du microbiome marin mondial. Le microbiome marin est devenu l'un des segments de la bioéconomie bleue qui connaît l'essor le plus important ces dernières années. Son étude est au cœur d'enjeux sociétaux, écologiques et économiques forts pour la découverte, la compréhension, la protection et l'utilisation des ressources océaniques
C'est dans ce cadre que le projet BlueRemediomics a été sélectionné par le programme de financement européen Horizon Europe, pour lequel il s'est vu attribué pour une durée de quatre ans, 7,65 millions d'euros auxquels s'ajoutent 1,54 million d'euros de financement de partenaires associés.
Il a pour ambition de cataloguer les données du microbiome marin afin de faciliter le développement de technologies industrielles pour réduire les déchets, développer la réutilisation des produits et sous-produits naturels et améliorer les techniques d'aquaculture. Il vise également à garantir un accès et un partage équitables des avantages tirés de tout nouveau produit (dans le domaine de la santé par exemple) et permettra de mesurer l'acceptabilité sociale des solutions biosourcées. Le projet s'appuie en grande partie sur des données générées par la mission Tara Océans (à laquelle le Genoscope a participé).
Coordonné par le CNRS et l'EMBL, le projet fait appel à un consortium international de 23 partenaires dans lequel interviennent trois laboratoires de l'UMR Génomique Métabolique du Genoscope (le LAGE, le L2BMS et le LABGeM).
Les équipes de ces laboratoires combineront leurs expertises pour répondre à différents enjeux du projet concernant plus spécifiquement :
- (i) l'amélioration du processus de reconstruction de génomes eucaryotes à partir de données métagénomiques (ii) le développement d'une représentation en graphes de pangénome pour analyser la diversité génomique des espèces et (iii) la conception d'une méthode d'analyse de contextes génomiques pour capturer la diversité fonctionnelle de familles d'enzymes impliquées dans différentes voies métaboliques.
- la caractérisation d'enzymes et de voies de dégradation des filtres UV utilisés dans les crèmes solaires qui sont pour certains considérés comme des polluants organiques. Les résultats obtenus permettront d'évaluer la biodégradabilité de ces composés par le microbiome marin.
- la détermination des marqueurs biologiques, génomes ou gènes, d'anthropogénisation de l'écosystème marin (i.e. modifications causées ou générées par l'activité humaine). Ces marqueurs pourraient être utilisés dans l'effort international pour la définition et caractérisation d'un index de qualité de la 'santé' des océans
Les plateformes de séquençage et de criblage d'enzymes du Genoscope seront également mises à contribution.