Le séquençage en urgence du génome entier en période néonatale est peu répandu. Pourtant, la rapidité de réalisation de l’examen génétique est un facteur crucial lorsqu’un diagnostic est requis en urgence, situation fréquente dans le cadre de maladies rares à révélation pédiatrique précoce ou à progression rapide. Les équipes de CHU Dijon-Bourgogne, de l’Inserm et du CEA ont mené l’étude Fastgenomics1, projet pilote de faisabilité du séquençage haut débit de génome en urgence afin d’envisager un tel processus à l’avenir dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025² (PFMG 2025).
Dans cette étude, une trentaine d’enfants hospitalisés en réanimation néonatale dans huit CHU de la filière AnDDI-rares3 a bénéficié d’une analyse génomique en urgence. Le séquençage haut débit du génome des enfants et de leurs parents et une analyse bioinformatique primaire ont été effectués sur la plateforme de production de séquences du CEA-CNRGH, en collaboration avec le Très Grand Centre de Calcul (TGCC) du CEA et au centre de calcul de l’Université de Bourgogne (CCuB). L’interprétation des données génomiques a été réalisée par la Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) TRANSLAD, en collaboration étroite avec l’équipe de recherche Inserm U1231 GAD. La mobilisation des équipes a permis de rendre les résultats d’analyse dans un délai de 38 à 49 jours. Ce délai est particulièrement court, le délai moyen d’obtention d’un diagnostic génétique en France étant actuellement de 18 mois en moyenne, et jusqu’à 5 ans pour 25 % des patients. L’analyse rapide des génomes de ces nouveau-nés a permis de poser un diagnostic pour deux tiers d’entre eux, un tiers ayant pu bénéficier d’une prise en charge plus rapide et mieux adaptée.
Ces analyses rapides du génome ont bénéficié de technologies de nouvelle génération dans le séquençage haut débit de l’ADN, qui permettent l’étude de l’ensemble du génome d’un individu. Celles-ci s’avèrent un outil de choix pour l’étude des maladies rares. Déployées au CNRGH, ces technologies de pointe ont déjà permis d’impliquer différents gènes dans de nombreuses maladies.
1 - Etude pilote nationale élaborée par la filière de santé nationale AnDDI-rares, la Fédération Hospitalo-Universitaire TRANSLAD et le CEA-CNRGH, soutenue par un don financier du laboratoire SANOFI-GENZYME.
2 - Le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025), lancé en 2016, a pour objectif de déployer le séquençage de génome pour le diagnostic des maladies rares grâce à la mise en place de plateformes de séquençage à très haut débit et de définir les modalités de prescription de ces examens.
3 - Filière de santé nationale maladies rares dédiées aux maladies avec anomalie du développement somatique et cognitif.
http://anddi-rares.org