Le Genopole a lancé son premier hackathon digital, D4GEN Hackathon, les 19, 20 et 21 mai 2022, afin de structurer des communautés interdisciplinaires autour de la « Génomique Numérique », et principalement dans le cadre d'enjeux de partage, préservation et (ré)utilisation des données massives issues du génome.
Durant cet évènement, qui a eu lieu sur le campus de Telecom Paris Sud, plusieurs équipes ont travaillé sur des projets pour imaginer et développer de nouvelles solutions à des problématiques ciblant quatre thématiques :
- Méthodes pour la FAIRification (gestion de recherche facilitée) des (méta) données Omics
- Technologies Blockchain
- Technologies d'intelligence artificielle (Machine learning, Deep learning, Transfert learning, …)
- Développement des outils informatiques pour l'analyse de données
Parmi elles, une équipe composée de Jérôme Arnoux en première année de thèse au LABGeM (UMR8030/Genoscope), de Guillaume Gautreau (chercheur en contrat post-doctoral à MetaGenoPolis (INRAE) et ancien doctorant du LaBGem), de deux étudiants de Telecom Sud Paris (Lucas Gruda et Sullian Le Bozec) et accompagnée par Stefania Dumbrava experte de l'École Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE), a proposé le projet PANORAMA.
Objectif de ce projet : proposer un nouveau modèle de données pour la gestion et l'analyse des données de pangénomique à l'heure du Big Data.
Jérôme Arnoux revient sur ces deux jours : « Après 48 heures de travail non-stop, nous avons proposé une solution orientée vers les bases de données de graphes répondant au défi posé. Cette solution sera exploitée dans le cadre de ma thèse qui vise à approfondir l'étude de la dynamique des génomes microbiens et de leur métabolisme. »
Le projet PANORAMA a terminé en 3ᵉ position parmi les neufs projets en compétition, donnant droit à un chèque de 600 € de bons cadeaux à partager entre les membres de l'équipe. Bravo à toute l'équipe !
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Crédit : LabGem