Dans une étude parue dans Cell Systems, le laboratoire SysFate1 (UMR8030/Genoscope) présente la méthode MULTILAYER conçue au sein de leur infrastructure. Cette méthode fournit une image numérique spatiale de l'activité des tissus biologiques. L'outil s'inspire de l'analyse d'images et y associe l'expertise en analyses -omiques (génomique, transcriptomique…) du laboratoire.
Les chercheurs ont démontré la performance de cet outil à déceler les zones fonctionnelles sur un ensemble de données de transcriptomique spatiale2 issues de coupes de tissu cardiaque, de divers tissus tumoraux et d'un embryon complet de souris, que l'outil a stratifié en régions correspondant parfaitement aux structures anatomiques connues.
La méthode sera notamment utile au développement de solutions de diagnostic moléculaire.
1 : Le laboratoire SysFate dirigé par Marco Mendoza a été créé grâce au dispositif Atige du Genopole.
2 : La transcriptomique spatiale désigne une série de méthodes combinant histologie, puces à ADN, et techniques de capture d'ARN pour réaliser une carte 2D de l'expression des gènes à l'échelle d'un organe.
L'objectif des Actions Thématiques Incitatives de Genopole (Atiges) est de contribuer à l'émergence de futurs leaders scientifiques, en offrant à des chercheurs titulaires la possibilité de créer une équipe au sein d'une unité de recherche déjà implantée sur le biocluster Genopole. Les bénéficiaires d'Atiges sont choisis par un comité scientifique indépendant à l'issue d'un appel à candidatures annuel lancé par Genopole. Après sélection des projets, un financement de 250 K€ HT sur 3 ans (charges et frais de gestion inclus) est alloué avec possibilité d'engager des aides techniques (CDD), des doctorants ou post-doctorants afin de constituer une équipe. En 2017, l'Atige a été attribuée à Marco Mendoza pour créer une équipe de biologie des systèmes au sein de l'UMR 8030 Génomique Métabolique.