​Avec la famille des Megaviridae et celle des Pandoraviridae[1], les chercheurs pensaient avoir répertorié la diversité des virus géants (seuls virus visibles en microscopie optique du fait d’un diamètre supérieur à 0,5 micron). Ces virus, qui infectent les amibes du genre Acanthamoeba, renferment un très grand nombre de gènes par rapport aux virus courants (les virus comme ceux de la grippe ou du SIDA contiennent une dizaine de gènes). La taille de leur génome est comparable ou dépasse celle du génome de nombreuses bactéries.

En étudiant un échantillon de sol gelé en provenance de l'extrême Nord-Est sibérien (région autonome de Chukotka), les chercheurs ont eu la surprise d’y découvrir un nouveau virus géant âgé de plus de 30 000 ans (contemporain de l’extinction de l’homme de Néanderthal), qu’ils ont appelé « Pithovirus sibericum ». Sa forme en amphore, tel Pandoravirus, a d’abord conduit les scientifiques à penser qu’il s’agissait d'un nouveau membre, certes très ancien, de cette famille. Mais l’analyse approfondie de Pithovirus révèle qu’il n'a quasiment aucun point commun avec les virus géants précédemment caractérisés. Il inaugure donc une nouvelle famille de virus, portant à trois le nombre de familles de virus géants connus à ce jour. Cette découverte, venant rapidement après celle des Pandoravirus, suggère aussi que la diversité des virus en forme d'amphore est peut-être aussi grande que celle des virus dits « icosaédriques »[2], qui sont parmi les plus répandus à ce jour. Elle souligne combien notre connaissance de la biodiversité microscopique reste partielle dès que l'on explore de nouveaux environnements.

Enfin, cette étude montre que des virus peuvent survivre dans le pergélisol (couche de sol gelé en permanence des régions arctiques) sur des périodes quasiment géologiques, c’est-à-dire sur plus de 30 000 ans (correspondant au Pléistocène supérieur). Cette démonstration a des implications importantes sur les risques de santé publique liés à l'exploitation des ressources minières et énergétique des régions circumpolaires que le réchauffement climatique rend de plus en plus envisageable. La résurgence de virus considérés aujourd’hui comme éradiqués, tel celui de la variole dont le processus de réplication est similaire à celui des Pithovirus, n'est désormais plus du domaine de la science-fiction. La probabilité d’un tel scénario devrait être estimée de manière réaliste et une étude métagénomique du permafrost est en cours. Elle bénéficie du soutien de l’infrastructure nationale France-Génomique (Investissement d'avenir).

1. Voir le communiqué de presse sur la découverte de Pandoravirus du18/07/2013
2. Qui a une forme de polyèdre à 20 faces.