​Les énormes progrès des technologies de séquençage et d'analyse des génomes au cours des deux dernières décennies ouvrent aujourd'hui de nouvelles possibilités pour comprendre, protéger ou mettre à profit l'ensemble des formes du vivant dans toute leur diversité. 

Le programme ATLASea propose de déchiffrer et d'exploiter le génome de 5000 espèces recensées en Zone Economique Exclusive (ZEE) française, en métropole et outre mer), ciblant en particulier les écosystèmes particulièrement menacés, fragiles, biologiquement importants et économiquement stratégiques. Ce programme d'une durée de 8 ans vient d'être sélectionné par le MESRI dans le cadre des PEPR et recevra ainsi un financement de 41,3 millions d'euros.

Le Genoscope, département CEA-Jacob, et le CNRS sont co-pilotes de ce programme, appuyés par IFREMER, le Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), Aix-Marseille Université (AMU), l'Université Paris Sciences Lettres (PSL) et Sorbonne Université (SU). 

ATLASea procédera à la collecte, l'identification taxonomique et la préservation d'échantillons biologiques de chaque espèce. 

Les génomes seront séquencés dans le réseau des plateformes de l'infrastructure France Génomique. Les données seront produites à un niveau de qualité dit « de référence » pour constituer une ressource hautement fiable pour la biologie et les biotechnologies du futur. Elles seront exploitées dans les deux projets pilotes d'ATLASea. 

• L'objectif du premier sera de suivre la dynamique des écosystèmes marins et d'anticiper la préservation des écosystèmes critiques pour la biodiversité, les sociétés humaines et l'économie. 
• Le second projet pilote d'ATLASea a pour but l'identification de nouvelles molécules, métabolites et voies de synthèses, avec leur potentiel d'innovations dans de nombreux domaines, dont le développement de médicaments et la nutrition, ainsi que la promotion d'une économie durable.

Enfin, le programme ATLASea s'inscrit dans l'initiative European Reference Genome Atlas (ERGA), affilié au Earth Biogenome Project. Il s'adossera au partenariat Européen « Une économie bleue neutre pour le climat, durable et productive » et s'intégrera avec les initiatives « Blue Cloud » de l'Union Européenne et « Decade of the Oceans » des Nations Unies.