Expresso, filtre, à la turque ou autrement, plus de deux milliards de tasses de café sont consommées chaque jour dans le monde ! Cela en fait l'un des principaux biens d'exportation à l'échelle internationale, et la première richesse de nombreux pays tropicaux. Et pourtant le génome du caféier n'avait jamais été séquencé. Un consortium international coordonné par l'IRD, le CEA (IG-Genoscope), le Cirad et l'Université de Buffalo vient d'y remédier, publiant la séquence de référence de Coffea canephora, plus connu sous le nom de robusta.
Ce dernier a été choisi pour son génome diploïde (2 x 11 chromosomes) alors que C. arabica, l'autre espèce cultivée, est un hybride tétraploïde (4 x 11 chromosomes) de robusta et de C. eugenioides. Combinant plusieurs technologies de séquençage, les chercheurs ont déchiffré les 710 millions de bases de son ADN et identifié plus de 25 000 gènes. Une analyse comparée a révélé que ce génome a conservé une organisation très proche de celle du génome de l'ancêtre de toutes les dicotylédones1 vraies (ou eudicotylédones).
Les chercheurs ont également constaté que le caféier se distingue par un nombre relativement élevé de gènes consacrés à la défense et au métabolisme secondaire2. La caféine, en particulier, est synthétisée par d'autres enzymes que chez le cacaoyer et le théier. Cette molécule est donc apparue à deux moments différents, au moins, au cours de l'évolution des eudicotylédones.
L'identification des gènes d'intérêt agronomique devrait faciliter la sélection ou la création de variétés plus résistantes aux contraintes environnementales et aux agresseurs (insectes, champignons, virus…). L'ensemble des résultats est disponible pour la communauté scientifique sur une base de données publique développée par l'IRD et le Cirad3.
- Les végétaux à fleurs dont la plantule comporte deux cotylédons (lobes)
- Présents essentiellement chez les végétaux, les métabolites secondaires ne participent pas à la nutrition, donc au développement de l'organisme
- Voir : http://www.coffe-genome.org