Le Genoscope utilise comme modèle d’étude du métabolisme bactérien, une bactérie du sol appelée Acinetobacter baylyi ADP1, (Barbe et al., 2004 ; LABGEM et LGBM).
Pour compléter le panel d’outils pour l’étude du métabolisme de cette bactérie (de Berardinis et al., 2008), l’ORFéome est en cours de construction via une version de la plateforme de clonage « haut débit » qui inclut en plus le séquençage des clones.
Notre objectif étant l’étude du métabolisme, seules les enzymes non membranaires et les gènes prédits comme tels (environ 1400 enzymes/enzymes potentielles), ainsi que les gènes orphelins de fonction (environ 800 gènes) sont en cours de clonage.
Composition de l’ORFeome d’A. baylyi ADP1
Nombre de gènes clonés des principales catégories d’enzymes/putatives enzymes.
Par la suite, le criblage par grands types de réactions enzymatiques (phosphatases, déhydrogénases, décarboxylases…), devrait permettre d’inférer expérimentalement de nouvelles fonctions à ces enzymes. Par exemple, des essais préliminaires sur des gènes de fonction inconnue ont permis de détecter 4 protéines avec une activité phosphatase sur un substrat générique.
