Des millions de protéines identifiées dans des projets de séquençage de génomes et de métagénomes sont présentes dans les bases de données. Cette accumulation de données a permis d'obtenir une meilleure compréhension du Vivant. Néanmoins cet accroissement du nombre de séquences induit une diminution de la proportion des protéines associées, avec fiabilité, à une fonction. Appliquée à l'étude du métabolisme, cette augmentation de protéines sans fonctions validées questionne sur la réelle complétude de la connaissance des réactions chimiques réalisées par le Vivant.

Toutes les thématiques de recherche développées au sein du laboratoire sont dédiées à l'approfondissement de la connaissance du métabolisme bactérien, en particulier par : 

- L'étude des gènes de fonction inconnue appartenant à des groupes de synthénie​​
- L'annotation fonctionnelle d'une famille de protéines de fonctions inconnues
- Caractérisation de métabolites orphelins et de leurs voies de biosynthèse
- L'étude de la fermentation de la biomasse cellulosique

​De plus, le laboratoire est en charge de la partie chimie analytique du projet chlordécone.

Projets auxquels participe le laboratoire:  

1. Enzymes en quête de fonction​
   
2. Dégradation de la biomasse cellulosique"
   
3. MAGIC-PAH
   
4. Dégradation de la chlordécone​
   
5. ​Genozyme
   
6. Nitrilases
   
7. ​Chlorouracile