​Espèce aquacole élevée sur tous les continents, la truite arc-en-ciel est également un organisme modèle pour la recherche, ce qui en fait le poisson le plus étudié au monde. Son génome, déchiffré au Genoscope, est le premier publié pour un représentant de la famille des salmonidés dont beaucoup d’espèces présentent un intérêt agronomique et écologique majeur. Outre les avancées que l’on peut en attendre pour la connaissance de la truite et l’amélioration des pratiques aquacoles, ce séquençage a réservé une surprise majeure à tous les généticiens.

Il y a une centaine de millions d’années, l’ancêtre commun des salmonidés a en effet subi une duplication complète de son génome. De tels évènements se sont produits plusieurs fois au cours de l’évolution des vertébrés (y compris dans la lignée qui conduit à l’homme), mais la plupart à des dates beaucoup plus anciennes. Avec la truite, les généticiens peuvent pour la première fois voir les conséquences d’un évènement «récent», et observer les mécanismes d’évolution génétique à l’œuvre. Or la structure générale des deux copies du génome original est encore étonnamment conservée, gènes compris, signe d’une réorganisation lente et progressive. Ce résultat remet en cause l'hypothèse communément admise selon laquelle la structure et le contenu en gènes évoluent très rapidement après la duplication d’un génome.