Alors que la biodiversité de notre planète est incroyablement riche et encore
méconnue, l’essentiel des recherches en biologie se focalise sur quelques
organismes modèles ! Pourtant, les nouvelles approches de protéogénomique,
permettent d’analyser en quelques semaines seulement les protéines d’organismes
pour lesquels aucunes données moléculaires n’avaient été jusque-là répertoriées.
Ces approches combinent à la fois les technologies d’analyse du génome, du
transcriptome et du protéome, L’interprétation des données sur les protéines,
acteurs cellulaires clés, peut être faite désormais même avec un brouillon du
génome d’un organisme. Ces approches permettent d’explorer et comprendre les
organismes vivants peuplant les écosystèmes les plus extrêmes de notre biosphère
et qui sont, pour la grande majorité, non cultivables en laboratoire.
Il est certain que l’analyse des organismes modèles reste importante pour la
compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires fondamentaux. Les
études de génomiques et de protéomiques, coûteuses et complexes il y a encore
quelques années, étaient réservées de ce fait à ces quelques organismes
privilégiés (Danio rerio, Drosophila melanogaster, Arabidopsis
thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Escherichia coli,
Bacillus subtilis, etc.). Elles sont maintenant devenues accessibles
grâce aux dernières révolutions technologiques.
Cette étude bibliographique associe le CEA et l’IRSTEA*. Elle est le fruit
d’une collaboration initiée entre ces deux organismes de recherche dans le cadre
de l’alliance nationale de recherche pour l’environnement, AllEnvi.
*IRSTEA : Institut national de recherche en sciences et technologies pour
l'environnement et l'agriculture, anciennement CEMAGREF, http://www.irstea.fr/linstitut