Responsable : Jörg Tost
Courriel : tost
cnrgh.fr
Le Laboratoire Epigénétique et Environnement (LEE) vise à obtenir un tableau complet des modifications épigénétiques dans différents contextes présentant de l'intérêt pour la santé humaine.
Son équipe a mis en place un processus robuste, unique en France, pour identifier et valider dans les maladies humaines les modifications épigénétiques dont font partie la méthylation de l'ADN, les miRNA et les modifications de conformation de la chromatine. Le laboratoire LEE maîtrise un nombre varié de technologies de séquençage du génome bisulfité pour l'analyse de la méthylation et de l'hydroxyméthylation de l'ADN et travaille pour cela en étroite collaboration avec les plates-formes à haut et moyen-débit du CNRGH. Ces technologies sont adaptables à différentes quantités de matériel de départ, en allant jusqu'à moins de 50ng d'ADN isolé. Les pipelines bio-informatiques associés, également disponibles au LEE pour traiter les données et identifier les régions différemment méthylées, sont affinés en permanence. Une autre technologie couramment utilisée dans de multiples projets est la puce BeadChip 450K et plus récemment EPIC de chez Illumina, pour laquelle un pipeline bio-informatique dédié a été développé. Les altérations de méthylation de l'ADN ainsi identifiées sont ensuite validées en utilisant la technologie de pyroséquençage mise au point par le laboratoire. Les ARNs sont analysés par small RNA-seq ou grâce à un panel de tests qPCR reposant sur des LNA. Les modifications des miRNA et de la méthylation de l'ADN sont croisées avec les modifications des histones et les changements d'autres protéines de liaison à l'ADN par ChIP-seq, tandis que les éléments régulateurs sont identifiés à l'aide du test novateur de l'ATAC-seq, basé sur la transposase. Alors qu'il se concentrait dans un premier temps sur les modifications épigénétiques dans le cancer, l'objectif de l'équipe a changé au cours des trois dernières années pour se consacrer à l'analyse des altérations épigénétiques dans les maladies humaines complexes, y compris les maladies auto-immunes, inflammatoires et allergiques ainsi que neurodégénératives. Un deuxième axe porte sur les altérations de l'épigénome causées par des facteurs environnementaux tels que les virus (par exemple le VIH), les bactéries ou l'irradiation à faible dose.
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Analyse quantitative de la méthylation
de l'ADN par pyroséquençage | Quantification par PCR en temps-réel de
librairies d'ADN pour un séquençage
pangénomique de la méthylation |
Technologies disponibles pour l'analyse de l'ensemble du génome: séquençage bisulfite Pangénomique, MeDIP-seq, smallRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, BeadChip 450K et EPIC Illumina.
Technologies disponibles pour l'analyse de locus spécifiques: Pyroséquençage (méthylation, mutations), E-ice-COLD-PCR (mutations), qPCR (miARN)