Orateur : Dr. Jean Armengaud
Laboratoire : Laboratory «Innovative technologies for Detection and Diagnostics» CEA-Marcoule, France
La protéogénomique se propose de mieux appréhender les mécanismes biologiques par un effort d’intégration de données multi-omiques.
Initialement cantonnée à la correction d’annotation de données génomiques par l’utilisation de données protéomiques, ce champ disciplinaire s’est considérablement élargit.
Par exemple, son application à des organismes non-modèles tels que l’amphipode Gammarus fossarum permet de définir très rapidement des biomarqueurs pertinents à partir de données de RNAseq et protéomique nouvelle génération. Son utilisation dans le domaine de l’oncologie (onco-protéogénomique) permet d’affiner le diagnostic par un traitement ultra-personnalisé des données en prenant en compte les variants génétiques présents dans une population donnée.
Ses applications dans le domaine de l’analyse des microbiotes sont de plus en plus évidentes, où données de génomique, transcriptomique, protéomique, et métabolomique doivent être intégrées dès leur genèse, et nécessite la correction de bases de données omiques et taxonomiques. Ses multiples applications intéressent nombre d’industriels spécialisés et de groupes de recherche académiques, mais nécessitent une infrastructure adaptée, notamment en terme informatique orientée multi-omique, et savoir-faire d’intégration.
La
plateforme ProGénoMix, dont le responsable est le Dr. Jean Armengeaud (CEA-Marcoule - DRF/JOLIOT/DMTS/SPI/Li2D) située en Gard Rhodanien est en soi unique en France dans ce domaine, et a une expertise mondialement reconnue. Outre les applications sur les organismes non-modèles (animaux aquatiques utilisés comme sentinelles en éco-toxicologie) et en santé humaine, la plateforme contribue à de nombreux projets portant sur la caractérisation de microorganismes isolés ou en mélanges complexes. Elle s’appuie sur le fort potentiel du laboratoire Li2D qui l’héberge quant à la production d’anticorps et de facilités pour la microbiologie (laboratoires L2 et L3). Elle a pour vocation de satisfaire les besoins en protéogénomique d’acteurs industriels et académiques régionaux, nationaux et internationaux des domaines des biotechnologies, de la microbiologie, de la santé et de l’environnement.
La plateforme ProGénoMix est située sur un parc régional d’activités économiques où sont implantés l’entreprise de biotechnologie Cisbio, leader sur les marchés des produits et services pour la recherche pharmaceutique et diagnostic in vitro, une antenne de la société Bertin-Pharma, ainsi que zeLab, un accélérateur biotech & pharma qui a pour objectif d’accueillir une dizaine de petites sociétés biotech.