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GRAND ANGLE
Mise en place dans le cadre
du programme des Investissements
d’avenir, l’infrastructure
ProFI (Proteomics French
Infrastructure) a pour objectifs
de développer des méthodes
innovantes pour l’analyse
quantitative des protéomes
et d’offrir aux communautés
scientifiques publique et privée
une plateforme de service et des
formations en protéomique. Elle
est l’œuvre commune de trois
équipes : l’EDyP du CEA-IRTSV, à
Grenoble, le groupe Protéomique
et spectrométrie de masse des
biomolécules de l’Institut de
Pharmacologie et de Biologie
Structurale (IPBS), à Toulouse,
et le Laboratoire de Spectrométrie
de Masse Bio-Organique de
l’Institut Pluridisciplinaire Hubert
Curien (IPHC), à Strasbourg.
ProFI
Hydrophobicité
Capacité d’un composé à repousser
ou à être repoussé par l’eau.
Des robots et des logiciels
our analyser les protéomes, l’équipe
EDyP («Etude de la dynamique des
protéomes ») du CEA-IRTSV dispose
d’une plateforme expérimentale ultrasophisti-
quée. Les échantillons à analyser sont d’abord
préparés automatiquement par un robot.
«Pour
plus d’efficacité, les protéines sont digérées par
une enzyme, la trypsine,
explique Yohann Couté,
responsable de la plateforme.
On obtient ainsi
des fragments de protéines, des peptides, formés,
pour la plupart, de 6 à 30 acides aminés.»
Le
robot est capable de préparer jusqu’à 192 échan-
tillons en parallèle. Les peptides sont ensuite
séparés les uns des autres par chromatogra-
phie liquide à un débit de 300 nanolitres par
minute, en étant fractionnés selon leur degré
d’
hydrophobicité
*
, et injectés en direct dans
le spectromètre de masse.
Modélisation informatique
«Le spectromètre peut à la fois mesurer directe-
ment leur masse et les fragmenter pour identifier
les acides aminés qui les composent»
, précise
Yohann Couté. Les spectres expérimentaux sont
comparés à des spectres théoriques, obtenus
par modélisation informatique, pour identifier
les protéines présentes dans l’échantillon. L’in-
formation spectrale est également exploitée
pour quantifier les protéines. Ici, les logiciels
sont «maison».
«Il en existe dans le commerce
mais, souvent, ils ne peuvent pas traiter autant
de données que nous le souhaitons»
, indiquent
Christophe Bruley, codirecteur d’EDyP, et
Thomas Burger, chercheur en informatique.
C’est pourquoi cette équipe développe, en colla-
boration avec les plateformes protéomiques de
Toulouse et Strasbourg, le logiciel «Proline», un
système complet d’analyse en protéomique.
Élaboré dans le cadre de l’infrastructure ProFI
(voir encadré)
, Proline servira d’outil commun
aux équipes françaises de recherche en protéo-
mique. Une première version sera diffusée dès
la fin de l’année. Quant à la plateforme d’EDyP,
elle est ouverte tant aumonde académique qu’à
la recherche privée. Forte de son expertise,
EDyP-Service
(
propose
en effet à la communauté scientifique, un
ensemble de prestations pour la caractérisation
des protéines et des protéomes.
P
PLATEFORME
CEAbio
- n° 03 - novembre 2014
Chargement d’échantillons dans un chromatographe
liquide (photo 1), associé à un spectromètre de
masse (à droite sur la photo 2), où ils seront analysés
automatiquement. Chacun d’eux peut contenir de
quelques protéines à plusieurs milliers.
© F. Rhodes/CEA
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