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PANORAMIQUE
Cet été, plusieurs collaborations internationales incluant le Genoscope (CEA-IG)
ont révélé tout ou partie du génome de plantes de grande culture. Le Genoscope
a développé et mis en œuvre les stratégies de séquençage et les outils bio-informatiques
ad hoc
. Ces résultats, publiés dans
Science
, ouvrent de belles perspectives
en agronomies.
Blé…
Le décryptage du génome du blé tendre,
aliment de base de plus d’un tiers de la
population mondiale, a débuté en 2005.
Cinq fois plus grand que celui de l’homme,
polyploïde
*
, ce génome est en effet un dur
à séquencer. Un projet international 3BSEQ,
piloté par l’Inra, a franchi une étape impor-
tante en livrant la
séquence de référence
*
du plus gros des 21 chromosomes du blé, le 3B.
Les 7700 gènes identifiés ont une répartition
particulière : ceux du métabolisme de base se
situent plutôt dans la région centrale du chro-
mosome alors que des gènes plus spécifiques
se regroupent en majorité vers ses extrémités.
Cette concentration de gènes est une marque
évolutive, due à des duplications récentes
liées à diverses adaptations environnemen-
tales : résistance à des pathogènes, tolérance
à la sécheresse... Si le séquençage intégral du
génome du blé n’est pas achevé, des gènes d’in-
térêt agronomique (résistance, rendement…)
vont d’ores et déjà pouvoir être repérés.
Colza…
Le colza est cultivé à grande échelle depuis
à peine un demi-siècle. Cette plante oléagi-
neuse provient pourtant d’un croisement entre
le chou et la navette réalisé par l’Homme,
peut-être involontairement, il y a 7 500 ans.
Le projet Seq-Poly-Nap, financé principale-
ment par l’Agence nationale de la recherche
(ANR), a permis de séquencer l’intégralité de
son génome, soit 19 chromosomes.
Première constatation : le double génome
du colza résulte de l’accumulation de
72 génomes ancestraux et comporte plus de
101000 gènes ! La très grande majorité d’entre
eux sont dupliqués, existant en deux copies de
séquences proches ou quasi-identiques. Dans
presque tous les cas, ces deux copies parti-
cipent conjointement à la fonction du gène.
Ce système constituerait un important réservoir
de diversification, d’adaptation et d’améliora-
tion : la fonction principale du gène étant régie
par une copie, la deuxième peut se restruc-
turer et muter, faisant émerger de nouvelles
fonctions. De nouveaux gènes d’intérêt vont
pouvoir être identifiés grâce à ce travail, avec
différentes pistes d’amélioration, comme la
teneur et la composition en huile ou encore
l’efficacité d’utilisation des nitrates du sol.
café…
Expresso, filtre, à la turque… Plus de deux
milliards de tasses de café sont consommées
chaque jour dans le monde ! Le café est ainsi
Des plantes à la carte...
GÉNOMIQUE
n° 03 - novembre 2014 -
CEAbio
