Claudine Médigue, Directrice de recherche CNRS, dirige le laboratoire d’analyses bio-informatiques pour la génomique et le métabolisme (LABGeM) de l’Institut de génomique du CEA, et orchestre, avec David Vallenet (chercheur CEA au LABGeM), les évolutions et le service d’une plate-forme bio-informatique appelée MicroScope. Les recherches du laboratoire portent sur le développement de nouvelles méthodes d’annotation et d’analyse des génomes et du métabolisme de micro-organismes, et sur la recherche de nouvelles activités enzymatiques chez les bactéries. Claudine Médigue et son équipe ont rassemblé toutes ces méthodes bio-informatiques, ainsi que les résultats générés, au sein de la plate-forme MicroScope, destinée aux biologistes.
Les chercheurs accèdent à la plate-forme via une interface web conviviale. Ils disposent ainsi d’outils bio-informatiques puissants pour analyser leurs données génomiques, explorer les résultats stockés dans la base de données, qui répertorie aujourd’hui pas moins de 3500 génomes bactériens, et avancer ainsi dans la connaissance des gènes bactériens et de leurs fonctions. Les biologistes peuvent aussi enrichir la base des résultats issus de leurs expérimentations. Cette plate-forme intégrative d’outils et de données facilement accessibles aux chercheurs n’a pas d’équivalent en France ni en Europe.
Le grand enjeu du travail de Claudine Médigue et de son équipe est la connaissance du métabolisme des bactéries, c’est-à-dire les réactions chimiques qui leur permettent de vivre et de se multiplier. « Un pan gigantesque de ce métabolisme est encore inconnu » souligne Claudine Médigue, qui révèle que « chez les bactéries que nous étudions, entre 20 et 50% des gènes ont une fonction biologique ignorée aujourd’hui ». La découverte de nouvelles fonctions et activités enzymatiques bactériennes ouvrira la voie à de nombreuses applications comme le développement de procédés biologiques de production industrielle ou le traitement des polluants par bioremédiation. Elle contribuera aussi à des progrès médicaux, grâce notamment à une meilleure connaissance des bactéries pathogènes de l’homme, mais aussi à une nouvelle compréhension des bactéries avec lesquelles nous vivons, comme celles de notre microbiote intestinal, dont l’impact sur notre santé est désormais prouvé.