Les activités menées sur le centre CEA Paris-Saclay sont encadrées par un ensemble de référentiels réglementaires, garant de la qualité, la sûreté et sécurité, la préservation de l’environnement et la démarche de qualité, de sûreté sécurité, de préservation de l’environnement et de développement durable. Dans une démarche de transparence et d’accès à l’information par le public sur ces actions, les établissements CEA de Fontenay-aux-Roses et Saclay publient chaque année un rapport environnemental et un rapport de transparence et sécurité nucléaire.
À travers leurs liens réguliers avec les Commissions locales d'information de Fontenay-aux-Roses et de Saclay, les établissements présentent le bilan de l'impact de leurs installations sur l'environnement et la santé, et apportent aux riverains l’information sur les activités et actualités des sites, soit via la commission locale, soit par des réunions publiques et conférences.
La démarche qualité des équipes du centre est reconnue à travers la double certification ISO 9001 (qualité) et ISO 14001 (environnement) délivrées par un organisme tiers accrédité par le COFRAC vérifiant chaque année la mise en œuvre efficace de ces normes.