L’appellation d’origine protégée (AOP) garantit au consommateur l’origine du produit. En France, 51 produits laitiers, comprenant des fromages, beurres et crèmes, bénéficient de ce label européen grâce à un savoir-faire reconnu et au respect d’un cahier des charges spécifique (zone de production, étapes de production, alimentation des animaux, etc.).
Les bactéries, levures et moisissures présentes dans le lait et celles introduites durant la fermentation permettent de donner le goût, la texture au fromage et de participer à la formation de sa croûte, et contribuent à augmenter la richesse du microbiote intestinal des consommateurs de ce produit fermenté.
Une équipe de recherche, composée de chercheurs d’INRAE, du CEA, du Conseil national des appellations d’origine laitières (CNAOL) et du Centre national interprofessionnel de l'économie laitière (CNIEL), a étudié pour la première fois la diversité microbienne des fromages AOP et des laits associés à l’échelle du territoire français. Dans le cadre du projet MetaPDOcheese (voir encadré plus bas), grâce à la forte mobilisation des acteurs des filières AOP, les chercheurs ont analysé des échantillons collectés auprès de 386 producteurs fermiers et fromageries répartis dans toute la France, tout en recueillant des informations détaillées sur les modes de production.
Cette étude a conduit à l’analyse des 44 variétés de fromages affinés AOP, qui appartiennent à 7 familles de fromages (à pâtes persillées, à pâtes pressées cuites, etc.), ce qui la rend assez représentative de l’ensemble des fromages consommés dans le monde. Au final, plus de 2 000 échantillons de fromages français portant le label AOP et les 400 laits associés ont été séquencés au CEA par des chercheurs du Genoscope .
L’analyse des données de séquençage a permis de détecter une grande diversité d’espèces microbiennes dans les fromages avec 820 espèces bactériennes et 333 espèces de moisissures/levures, et dans les laits avec 1 230 espèces bactériennes et 1 367 espèces de moisissures/levures. De plus, une part importante des espèces identifiées dans les fromages pourrait provenir des laits. En effet, près de 42 % des espèces de bactéries et 64 % des espèces de moisissures/levures identifiées dans les fromages ont également été identifiées dans les laits.
En croisant ces données avec les informations recueillies sur les pratiques de production, les chercheurs ont montré que le facteur AOP (qui englobe aussi bien la zone géographique, la topographie de la région ou encore les facteurs humains) a un impact sur la diversité microbienne retrouvée dans les fromages et les laits. Cela démontre la contribution du savoir-faire régional à l’élaboration du microbiote fromager.
Ainsi, cette étude peut servir de référence sur la diversité microbienne en relation avec les pratiques de production des fromages AOP, notamment dans le contexte du changement climatique.
Le projet MetaPDOcheese, lauréat des grands projets de séquençage de France Génomique 2017 et porté par INRAE (unités SAYFOOD et UMRF), est le fruit d’une réflexion collective des membres du groupe « écosystèmes microbiens » du réseau mixte technique (RMT) Fromages de terroir. Ses objectifs sont d’aider les acteurs des filières AOP à s’approprier les outils omiques et répondre aux questions écologiques autour des communautés microbiennes des fromages et du lait. Il a comme finalités d’identifier des leviers (paramètres technologiques, pratiques d’ensemencement…) favorisant la diversité microbienne des écosystèmes fromagers et leur maintien pour que ces filières puissent imaginer des pistes pour un mode de gestion in situ des ressources microbiennes.