Les bactéries, levures et moisissures présentes dans le lait, tout comme celles introduites durant la fermentation, permettent de donner au fromage son goût, sa texture ainsi que sa croûte. De fait, elles contribuent à augmenter la richesse du microbiote intestinal de ceux qui en consomment. C'est pourquoi des chercheurs de l'Inrae, et leurs partenaires dont le Génoscope du CEA-Jacob, se sont intéressés à la diversité microbienne des fromages AOP et des laits associés à l'échelle du territoire français. Une première réalisée dans le cadre du grand projet de séquençage MetaPDOcheese.
L'appellation d'origine protégée (AOP) garantit au consommateur l'origine du produit et le respect d'un cahier des charges spécifique : zone géographique de production ; races de vaches, brebis et chèvres identifiées et leur alimentation ; étapes de production et d'affinage. En France, 51 produits laitiers, comprenant des fromages, beurres et crèmes, bénéficient de ce label. La présente étude a porté sur l'analyse des 44 variétés de fromages affinés AOP qui appartiennent à 7 familles de fromages (comme les fromages à pâtes persillées ou à pâtes pressées cuites), ce qui la rend assez représentative de l'ensemble des fromages consommés en France et dans le monde.
Le savoir-faire régional au service du microbiote fromager
Ce sont ainsi plus de 2000 échantillons de fromages français et 400 de laits qui ont été séquencés au Genoscope. L'analyse de leur séquençage conduit à deux données importantes :
- La grande diversité microbienne : 820 espèces bactériennes et 333 espèces de moisissures/levures ont été identifiées dans les fromages ; 1230 espèces bactériennes et 1367 espèces de moisissures/levures dans les laits.
- Des espèces microbiennes qui se transmettraient du lait au fromage : près de 42% des espèces de bactéries et 64% des espèces de moisissures/levures identifiées dans les fromages ont également été identifiées dans les laits.
« En croisant ces données avec les informations recueillies sur les pratiques de production, nous avons montré que le facteur AOP a un impact sur la diversité microbienne retrouvée dans les fromages et les laits », indiquent Corinne Cruaud, Valérie Barbe et Frédérick Gavory du CEA-Jacob. Cette étude démontre ainsi la contribution du savoir-faire régional à l'élaboration du microbiote fromager, ce qui confirme la valeur du label AOP créé pour le valoriser.