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GRAND ANGLE
France Génomique
Soutenue par un Investissement d’Avenir d’un montant total de 60M
€
,
France Génomique est une infrastructure nationale de service regroupant
les principales plateformes de génomique et de bio-informatique en France.
Outre le Genoscope et le CNG, elle compte des plateformes « régionales »
spécialisées, des centres de bio-informatique et a accès au centre de calcul
du CEA. L’idée est de constituer une force de frappe comparable aux grands
centres internationaux. France Génomique lance des appels à projets
vers les chercheurs publics et privés, en France mais aussi en Europe et à
l’international.
duisent 1Mb de données par jour. Puis, au mi-
lieu des années 2000, le séquençage est passé
à l’ère du haut débit. La société Illumina diffuse
aujourd’hui la technologie la plus répandue
au niveau mondial. Ainsi, les 6 séquenceurs
de ce type du Genoscope génèrent chacun
55Gb par jour. En revanche, cette technolo-
gie produit des séquences plus courtes, ce
qui complique le traitement bio-informatique
ultérieur. La quantité de données explosant,
le Genoscope (et l’Institut de Génomique dans
son ensemble) est désormais relié au Centre
de Calcul Recherche et Technologie du CEA
(CCRT) à Bruyères-le-Châtel, qui met à sa
disposition capacité de stockage et puissants
calculateurs.
«
Les technologies émergentes viendront
s’ajouter plutôt que se substituer à ce qui existe,
au moins dans un premier temps,
explique Ar-
naud Lemainque.
Chaque technique s’adapte
plus ou moins bien à chaque type de projets.
Nos stratégies de séquençage sont élaborées en
fonction de l’objectif, du type de génome, de la
qualité de l’échantillon, mais également du coût.
»
Il s’agit en effet de pouvoir répondre à toutes
les demandes : en plus de ses propres projets
de recherche, le Genoscope lance des appels à
projets auprès de la communauté académique
française,
via
l’infrastructure France Géno-
mique (voir ci-dessous).
Le séquençage
à l’ère industrielle
Méthode de Sanger
Méthode de séquençage mise au point par le
biochimiste britannique Frederick Sanger, qui lui valu
une partie du prix Nobel de chimie en 1980.
Centre de Calcul
de Recherche et
de Technologie
(CCRT) du CEA,
dont la puissance de
calcul est supérieure
à 300 Teraflops
(300 mille milliards
d’opérations par
seconde).
© Cadam/CEA
CEAbio
- n° 02 - juillet 2014
epuis son origine dans les années
1970, le séquençage des génomes
consiste à déterminer l’ordre d’en-
chaînement des nucléotides (A, T, G, C) de
fragments d’ADN représentant la totalité d’un
génome. Vient ensuite une phase informatique
de reconstitution du génome entier, en jouant
sur les chevauchements de séquences.
La
méthode de Sanger
*
s’est imposée
dans un premier temps et a rapidement été
automatisée. Ses derniers séquenceurs pro-
D
Chargement de fragments d’ADN dans
un séquenceur.
© C. Dupont/CEA
ÉQUIPEMENTS
