n° 02 - juillet 2014 -
CEAbio
biocatalyseurs, voit un intérêt pratique à
ce type de recherche. «
Ces métagénomes
représentent un réservoir naturel inexploré de
biocatalyseurs pour la chimie de synthèse et
l’industrie
», estime-t-elle.
Une
terra incognita
?
L’autre grande nouveauté au Genoscope
date d’une dizaine d’années : la mise en place
d’une forte activité d’exploration fonction-
nelle
2
, venue s’ajouter à la génomique qu’il
continue de pratiquer à grande échelle. Cette
nouvelle orientation résulte d’un constat: le dé-
séquilibre croît sans cesse entre le nombre de
données qui s’accumulent, en particulier sous
forme de gènes, et la détermination de leurs
fonctions qui elle, marque le pas. Résultat, des
millions de gènes et de protéines recensés
sont aujourd’hui «
orphelins de fonction
». «
Et
lorsqu’une fonction est attribuée, c’est souvent
in silico
, par similitude de séquence avec une
enzyme « connue », mais sans base expérimen-
tale
» renchérit Véronique de Berardinis. Des
chercheurs du Genoscope travaillent donc à
«
compléter la connaissance du métabolisme
des organismes, qui reste encore une terra inco-
gnita
», selon Marcel Salanoubat, directeur de
les boues activées d’un bassin de la station
d’épuration d’Évry... «
Il s’agit de découvrir
des microorganismes totalement inconnus
dans les laboratoires et potentiellement por-
teurs de gènes intéressants
» souligne Patrick
Wincker, qui dirige la partie génomique du
Genoscope. Par exemple, une équipe pilotée
par Denis Le Paslier s’est attaquée à la chlordé-
cone (aujourd’hui interdite), un pesticide orga-
nochloré très toxique et massivement utilisé
contre le charançon du bananier aux Antilles.
Sa persistance dans les sols et les eaux pose
aujourd’hui de sérieux problèmes. Des échan-
tillons de sol prélevés aux Antilles ont été mis
en culture plusieurs années en présence de
ce produit. Leur analyse chimique a révélé
que certaines communautés microbiennes
peuvent dégrader notablement la chlordécone.
Le métagénome de ces communautés a alors
été séquencé dans le but d’élucider les méca-
nismes de biodégradation de ce pesticide.
Véronique de Berardinis, responsable de
la plateforme de découverte de nouveaux
04
GRAND ANGLE
2
Cette activité est prise en charge par l’UMR 8030
Génomique métabolique (CEA, CNRS et Université
d’Évry), structure de recherche fondamentale
du Génoscope, qui analyse les résultats de l’activité
de séquençage.
Manipulation en boîte à gants
d’espèces microbiennes anaérobies.
© F. Rhodes/CEA
Salle des thermocycleurs du
Génoscope, où sont amplifiées
les séquences d’ADN.
© F. Rhodes/CEA
•
98
ingénieurs,
techniciens, informaticiens,
bio-informaticiens,
dédiés à la plateforme de
séquençage.
•
64
chercheurs,
ingénieurs, techniciens.
•
9
post-docs et doctorants.
•
12
étudiants (BTS,
Licence, Master).
•
Près de
100
publications
par an.
Le Genoscope
en chiffres
