Le microbiote intestinal, ensemble des microorganismes (bactéries, virus, levures, …) présents dans le tube digestif, intervient dans les fonctions digestive, métabolique, neurologique, immunitaire et joue ainsi un rôle important en santé humaine. Or de nombreux facteurs peuvent altérer sa composition et son activité. Cette altération, appelée dysbiose, peut être un facteur aggravant pour de nombreuses pathologies.

Une équipe de l'Institut Pasteur de Lille, en collaboration avec le département IDMIT du CEA-Jacob, l'INRAE, l'Institut Pasteur de Paris et l'hôpital Saint Antoine à Paris, s'est intéressée aux conséquences sur le microbiote intestinal d'une infection par le SARS-CoV-2, coronavirus responsable de la Covid-19. Les chercheurs ont pour cela analysé celui de modèles animaux (primates) développés par IDMIT qui expriment les symptômes de la Covid-19. Ils ont ainsi montré que le SARS-CoV-2 induit une dysbiose intestinale qui se manifeste par une modification significative de la composition du microbiote et de son activité fonctionnelle. Notamment, la modification de l'abondance relative de certaines espèces bactériennes a pu être corrélée à la présence du virus SARS-CoV-2 dans les voies respiratoires supérieures. 

Cette dysbiose se prolonge dans le temps bien après l'élimination du virus dans le système respiratoire. Elle pourrait avoir des conséquences sur la phase aigüe de la Covid-19 et participerait aux effets à long terme de cette infection. Cette hypothèse est actuellement étudiée. Ce travail ouvre des perspectives pour mieux comprendre la Covid-19 et participer au contrôle de cette maladie.