Ingénierie cellulaire, ingénierie génétique et ingénierie des protéines
Les institut Joliot et Jacob possèdent plusieurs plateformes de bioingénierie.
Les plateformes d’ingénierie des protéines regroupent des équipements destinés à la surexpression (en levure ou en cellules d’insectes) et la purification de protéines solubles ou membranaires, en lien étroit avec les plateformes de biologie structurale.
Les plateformes d’ingénierie génétique fournissent des services dans le domaine de l’édition du génome, la transgénèse, la mutagénèse et le phénotypage de modèles cellulaires ou animaux.
Les plateformes d’ingénierie cellulaire permettent de transposer des concepts et outils avancés de la physique, de la chimie, de l’optique ou de la mécanique pour améliorer la compréhension du vivant et simuler des processus biologiques humains.
Expression de protéines solubles ou membranaires en levures (Institut Joliot / I2BC)
Le plateau technique donne accès à différents équipements (fermenteurs, broyeurs …) permettant l'expression et la purification de cibles protéiques singulières, les protéines transmembranaires par l'utilisation de
Saccharomyces cerevisiae ou la levure méthylotrophe
Pichia pastoris pour la préparation de protéines secrétées et riche en ponts disulfures. Cette expertise est localisée sur deux sites, au Laboratoire des Protéines et des Systèmes Membranaires – I2BC/Institut Joliot, CEA Saclay et au laboratoire Fonction et Architecture des Assemblages Macromoléculaires – I2BC, Faculté des Sciences d'Orsay.
Consultez Plug in Labs – Université Paris-Saclay - Expression de protéines solubles ou membranaires en levures
Transgenèse
La plateforme de transgénèse et expérimentation animale de l'Institut Joliot propose plusieurs types de prestations : i) élevage et gestion de lignées de souris génétiquement modifiées, ii) hébergement de rongeurs et lagomorphes, iii) mise à disposition de locaux pour des entreprises ou unités académiques souhaitant mettre en œuvre des protocoles sur animaux.
Consultez Plug in Labs – Université Paris-Saclay - Transgenèse
Cellule d'Ingénierie génétique et d'expression CIGEx de l'IRCM
La
cellule d’Ingénierie génétique et d’expression CIGEx de l’Institut Jacob propose des prestations de biologie moléculaire pour le clonage de gènes d’intérêt, la mutagénèse, l’ingénierie génétique, ainsi que de biochimie des protéines, de design et de clonage des ARNg pour les expériences de CRISPR/Cas9 de préparation des banques pour le séquençage haut débit et de production de lentivirus.
Consultez la page web de la cellule d'Ingénierie génétique et d'expression de l'Institut Jacob
Consultez Plug in Labs – Université PSAC- CIGEx
Plateforme d'aptamères de MIRCen
Cette plateforme propose des méthodologies, équipements et expertises pour la sélection, la caractérisation et l'ingénierie d'aptamères ADN, ARN ou acides nucléiques résistant aux nucléases. La plateforme est ouverte aux prestations ou collaborations avec les industriels ou laboratoires académiques et permet d'identifier des aptamères contre tout type de cible (petites molécules, peptides, protéines, cellules...).
Consultez la page de la plateforme d'Aptamères de MIRCen.
Consultez Plug in labs – Université Paris Saclay – Aptamères – MIRCen.
Plateforme de biologie moléculaire et production virale de MIRCen
La plateforme propose son expertise pour l'élaboration de vecteurs viraux dérivés d'AAV et de lentivirus, leur production et leur caractérisation. Ces vecteurs viraux permettent le transfert de gènes de façon stable ou transitoire in vitro dans des lignées cellulaires ou des cultures primaires et in vivo dans un organisme entier (rongeur, Primate Non Humain, etc.). Ils peuvent être utilisés pour surexprimer un gène d'intérêt, inhiber un gène endogène (shRNA), ou exprimer un gène rapporteur.
Cette plate-forme est composée de 2 plateaux techniques :
Un laboratoire L1 de biologie moléculaire et microbiologie cellulaire dédié au clonage de gènes d'intérêt dans des plasmides d'expression eucaryotes et à l'étude de l'expression des gènes dans des modèles animaux
Un laboratoire L3 composé de 10 pièces dédiées à la production et à la manipulation des vecteurs viraux. Les vecteurs viraux y sont titrés et testés pour leur efficacité.
Consultez la page de la plateforme de biologie moléculaire et production virale de MIRCen.
Consultez Plug in labs – Université Paris Saclay – Biologie moléculaire et production virale – MIRCen.
Plateforme de Cytométrie en flux de l'IRCM (Institut de radiobiologie cellulaire et moléculaire)
La plateforme est dotée des technologies et savoir-faire nécessaires aux programmes de tri et d'analyse cellulaires.
Consultez la page dédiée à la plateforme de Cytométrie en flux de l'IRCM
Consultez Plug in Labs – Université PSAC - IRCM
Plateforme de Cytométrie de flux de l'IDMIT- Laboratoire FlowCyTech (LFC)
A côté de ses cytomètres de flux, la plateforme technologique FlowCyTech d’IDMIT est dotée d’un cytomètre de masse (Hélios) qui exploite les métaux rares à la place de la fluorescence pour analyser simultanément l’expression de plus de 40 marqueurs cellulaires.
Cette technologie de pointe et de référence dans le domaine de l’immunologie, permet de mieux appréhender la complexité de la réponse immune en révélant l’existence de nouvelles populations cellulaires et en aidant à découvrir de nouveaux bio-marqueurs. Ces études moléculaires et cellulaires sont réalisées sur des cellules immunes issues des différents modèles animaux (primates non humains) développés à IDMIT, et également sur des prélèvements humains, dans le cadre de différentes maladies infectieuses humaines.
Consultez la page dédiée au LFC- IDMIT.
Consultez Plug in Labs-Université PSAC-IDMIT-LFC
Biophysique et bio-informatique structurales
Les plateaux techniques et plateformes de biologie structurale, biophysique et bio-informatique de l'I2BC/Institut Joliot font partie de l'Infrastructure Nationale en Biologie Santé FRISBI, dédiée à la biologie structurale intégrée, et/ou sont labellisées IBiSA. Les plateformes sont ouvertes aux biologistes structuraux, moléculaires et cellulaires des milieux universitaires et industriels de France et d'Europe.
Résonance paramagnétique et électronique (RPE)
La Résonance Paramagnétique Electronique (RPE) est la seule méthode de détection directe d'espèces paramagnétiques. Les applications de la spectroscopie RPE sont diverses comme le contrôle qualité ou la recherche moléculaire dans la biologie structurale, les matériaux et la physique quantique. La RPE permet la détection, l'identification et la quantification des métaux de transitions dans les états redox paramagnétiques (Mn, Fe, Cu, Co, Ni, etc), des espèces radicalaires et des états triplets. Elle est applicable à des mesures sur cellules entières et par des techniques de spin-trap elle permet la détection d'espèces réactives de l'oxygène.
Consultez Plug in Labs – Université Paris- Saclay - RPE
Spectroscopie RMN
La plateforme de RMN est spécialisée dans la caractérisation des protéines en solution, qu'elles soient repliées ou désordonnées. Elle s'est en particulier spécialisée sur les protéines impliquées dans la signalisation cellulaire, la réparation des dommages de l'ADN et l'organisation du noyau : repliement, dynamique, interactions protéine:protéine et protéine:ligand, décrits à l'échelle atomique que permet d'atteindre cette spectroscopie. La plateforme a aussi développé et exploité une nouvelle approche : l'identification et le suivi cinétique résidu par résidu de modifications post-traductionnelles (PTMs).
Consultez Plug in Labs – Université Paris-Saclay – Spectroscopie RMN
Spectroscopies vibrationnelles (Raman, FTIR)
Cette plateforme met à disposition des équipements de spectroscopies avancées Raman et FLN (7 spectromètres, avec plusieurs accessoires et une large gamme de température possible (thermostats 273-320 K, cryostats 4-250 K)).
Consultez Plug in Labs – Université Paris-Saclay – Spectroscopies vibrationnelles
Spectroscopies électroniques
La plateforme de Spectroscopies Électroniques offre ses services appliqués aux biomolécules à des équipes de recherche françaises et internationales. Elle est capable de suivre des changements spectroscopiques au niveau de la protéine dans des cellules intactes.
La plateforme est équipée de plusieurs spectromètres d'absorption et de fluorescence (y compris un certain nombre de spectromètres PAM spécialisés) ainsi que des spectromètres à thermoluminescence. Pour certaines configurations, des cryostats sont disponibles pour les études à basse température, jusqu'à 77K ou 4K.
Consultez Plug in Labs – Université Paris-Saclay – Plateforme de spectroscopies électroniques
Microscopie de fluorescence à super-résolution
La plate-forme est dédiée à l'imagerie super-résolution d'échantillons biologiques. Les échantillons sont placés dans un sandwich de lamelles de verre qui est ensuite inséré dans le porte-échantillon d'un microscope à balayage laser. La fluorescence émise est capturée par une caméra EMCCD. Les longueurs d'onde d'excitation standard sont 405, 488 et 561 nm, cependant, d'autres longueurs d'onde sont disponibles.
Consultez Plug in Labs – Université Paris-Saclay – Plateforme de microscopie de fluorescence à super-résolution
Bioinformatique structurale
Le plateau technique offre l'accès à plusieurs serveurs et méthodologies dédiés à la bioinformatique structurale. Parmi le grand nombre de services proposés, le plateau met à disposition des approches de prédiction structurale, de docking de protéine, de conception par le calcul et de simulations des dynamiques moléculaires.
Consultez Plug in Labs – Université Paris-Saclay – Bio-informatique structurale
Production d'anticorps
Plateforme de production d'anticorps – Saclay (ProdIg)
La plateforme de production d'anticorps se compose de deux unités : ProdIg, partie intégrante du Laboratoire d'Etudes et de Recherche en Immunoanalyse (LERI), et eZYMab, partie intégrante du Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (LI2D). Ces deux unités, certifiées ISO90001, sont rattachées au Service de Pharmacologie et d'Immunoanalyse du CEA à Saclay. Elles possèdent une expérience de plusieurs décennies dans leur domaine de compétence et ont une grande habitude de gérer des projets en prestation/collaboration.
La plateforme propose trois types de prestations : production d'anticorps polyclonaux de lapin, production d'anticorps monoclonaux de souris et vente d'anticorps polyclonaux ou monoclonaux.
Consultez
Plug in Labs – Université Paris-Saclay – Plateforme de production d'anticorps
Omique, Protéomique, Génomique
Les instituts Jacob et Joliot possèdent plusieurs parcs de machines (séquenceurs, spectromètres de masse…) dédiées à l’analyse des génomes, métagénomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, lipidomes… et sont impliqués dans toutes les grandes infrastructures de omiques nationales (INBS MetaboHub, France Genomique…). Elles sont pour certaines labelisées IBiSA.
Plateforme MétabolomeIDF
Metabolome - IDF est une plateforme bi-site (SPI / LEMM, département Médicaments et Technologie pour la Santé, Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot, CEA Paris-Saclay, et Institut Parisien de Chimie Moléculaire, Sorbonne Université Campus Pierre et Marie, Paris), labélisée IBISA depuis 2010. Les prestations qu'elle offre, articulées autour de l’analyse métabolomique par spectrométrie de masse, sont : i) production de données brutes - empreintes métabolomiques par spectrométrie de masse à basse, haute ou ultra-haute résolution de milieux biologiques - ou traitées par les outils mathématiques et informatiques développés au laboratoire, ii) identification de métabolites (chimiothèque > 900 produits chimiques et interrogations automatiques de banques de données publiques) et iii) analyses statistiques et biologiques de données (positionnement de métabolites identifiés et leurs niveaux relatifs de concentrations au sein de voies métaboliques connues).
Consultez Plug in Labs –Université Paris-Saclay - MétabolomeIDF
Smart-Ms
Cette plateforme est implantée au service de Pharmacologie et d'Immunoanalyse (SPI) de l'institut Joliot et compte 5 instruments de chromatographie liquide couplés à la spectrométrie de masse à analyseur triple quadripolaire (UPLC-MS/MS). SMArt-MS a accès si nécessaire aux instruments à haute résolution de la plateforme MetaboHub. Ses missions sont : le développement et la validation de méthodes de bioanalyse quantitative par LC-MS/MS de petites molécules et d'anticorps thérapeutiques dans les fluides biologiques et leur utilisation pour la réalisation d'études de métabolisme et pharmacocinétique pilotes (early ADME-DMPK).
Consulter Plug in Labs – Université Paris-Saclay – Smart-MS
ProGénoMix
La plateforme ProGénoMix, certifiée ISO 9001, dispose de l'ensemble des méthodologies omiques (protéomique, transcriptomique, génomique) et une expertise unique en termes d'intégration de données multi-omiques et méta-omiques. Implantée au CEA-Marcoule, elle dépend de l'institut Joliot.
Consultez la page Plateforme ProGénoMix
Plateformes du Centre national de recherche en génomique humaine (CNRGH)
Expert de la génomique humaine par séquençage et génotypage à haut débit, le CNRGH est constitué de plusieurs plateformes techniques de pointe (wet et in silico) permettant l’exploration « des » génomes humains (génome et métagénome), ouvertes aux collaborations sur des programmes d’étude des maladies génétiques plus particulièrement. Plusieurs laboratoires développent, à travers des projets propres, des approches innovantes (épigénétique, biopsie liquide, héritabilité manquante…) qui permettront d’explorer de nouvelles dimensions qui promettent d’ouvrir de nouvelles voies scientifiques. Enfin le CNRGH génère des données « patrimoniales » qui seront accessible à la communauté.
Consultez la page de collaboration avec le CNRGH
Consultez les pages Plug in Labs – Université Paris Saclay dédiées aux plateformes du CNRGH :
Plug in Labs - Université PSAC – Plateforme de génotypage - CNRGH
Plug in Labs – Université PSAC – Plateforme de séquençage - CNRGH
Plateformes du Genoscope
Créé dans le cadre du Projet Génome Humain en 1996, le Genoscope – Centre national de séquençage - est un acteur crucial dans la recherche génomique environnementale. Le Genoscope est ouvert aux collaborations pour les grands projets de génomiques des microorganismes, des plantes et des organismes d'importance en écologie et biotechnologies.
Consultez la page de collaboration du Genoscope.
Consultez les pages Plug in Labs – Université Paris Saclay dédiées aux plateformes du Genoscope : Plug in Labs – Université PSAC – Plateforme de séquençage - Genoscope
Plug in Labs – Université PSAC – MicroScope - Plateforme Annotations et analyses comparatives des génomes microbiens