L’élimination par phagocytose des cellules en apoptose (ou efferocytose) est un processus physiologique essentiel de l’immunité. C’est par ce mécanisme que chaque jour, les cellules qui meurent par apoptose sont éliminées par les phagocytes (ex : macrophage). Ce processus est crucial pour le développement, l’homéostasie tissulaire et la résolution de l’inflammation. En effet, l’élimination efficace des cellules apoptotiques est considérée comme un prérequis pour la prévention des maladies auto-immunes et inflammatoires. Une étape clé de l’efferocytose est la formation d’une zone de contact entre le phagocyte et la cellule apoptotique appelée efferosynapse. La réponse immune du phagocyte est coordonnée par les nombreuses molécules qui organisent et régulent cette interface. La cellule apoptotique expose à sa surface des « don’t eat-me » et « eat-me » signaux dont l’exposition évolue avec l’apoptose et sont reconnus par une grande variété de récepteurs exprimés par les phagocytes. Du fait de cette complexité l’organisation moléculaire de l’efferosynapse est encore méconnue. Néanmoins, sa caractérisation est cruciale pour déterminer quels sont les paramètres qui conditionnent la façon dont les signaux exposés par la cellule apoptotique vont être interprétés par le phagocyte. Ainsi, une partie de mon travail visait à étudier l’organisation des « eat-me » signaux que sont la phosphatidylsérine (PS), la calréticuline (CRT), ainsi que la dynamique du « don’t eat-me » signal CD47 à la surface des cellules apoptotiques. Afin de se rapprocher de l’échelle moléculaire nous avons étudié ces molécules par microscopie à super résolution. Par ailleurs, au niveau du phagocyte, une seconde partie de mon travail de thèse s’est focalisée sur un couple de protéines connues pour intervenir dans la reconnaissance et l’élimination des cellules apoptotiques chez la souris : le récepteur SR-F1 et la molécule du complément C1q.